Альбом был полностью записан весной 2004 года, а летом музыканты отправились в Германию для сведения и мастеринга материала. . Мастерингом альбома занимался Кай Бланкенберг. Песни, вошедшие в альбом, на момент записи были относительно новыми, кроме композиций «Раненый воин», присутствовавшей в демо-альбоме «Ересь» 1990 года и «Рыцаря», существовавшего ещё в 1993 году. Музыка к песне «Хороший пират — мёртвый пират» была придумана Александром Леонтьевым ещё во время его пребывания в группе «Кукрыниксы». Текст песни «Задира и солдат» был впервые опубликован в буклете к сборнику песен «Собрание» в 2001 году.
Композиции «Исповедь вампира» и «Северный флот» были впервые исполнены 22 марта 2004 года на концерте Киеве. 9 апреля на официальный сайт группы была выложена демо-версия песни «Исповедь вампира», а 16 апреля на выступлении «Короля и Шута» в Санкт-Петербургском СККсостоялась премьера ещё двух песен — «Волшебного глаза старика Алонса» и «Мести Гарри». Сам альбом был выпущен 13 ноября 2004 года, а его презентация состоялась в тот же день в Санкт-Петербурге на концерте в ДС «Юбилейный» и 20 ноября в Москве на концерте в ДС «Лужники».
Незадолго до выхода альбома «Бунт на корабле» музыканты группы «Король и Шут» поссорились с продюсером «Нашего радио» Михаилом Козыревым, поэтому песни с новой пластинки коллектива в то время не попали в ротацию на данной радиостанции.
Альбом, который поклонники группы ждали 2 года, был воспринят ими неоднозначно и оказался менее успешным, чем предыдущие «Жаль, нет ружья» и «Как в старой сказке». В первую очередь это было связано с полным отсутствием фолковых мотивов, намного утяжелившимся звучанием и задвинутым на второй план вокалом, из-за которого тексты песен слышны с трудом. Это привело к тому, что многие фанаты и поклонники разочаровались в группе и альбом шёл на спад в продажах. На этой почве у Горшенёва и Князева начались первые серьёзные творческие разногласия. Однако, как эксперимент, данная работа оказалась в целом успешной, при этом группе удалось привлечь в свою аудиторию новый сегмент — любителей хардкор-панка. Уже при работе над следующим альбомом музыканты «Короля и Шута» решили вернуться к более классическому для группы звучанию. Михаил Горшенёв заметил, что альбом «Бунт на корабле» получился не настолько тяжёлым как планировался и что не все идеи в нём удалось реализовать. По состоянию на июнь 2013 года группа планировала записать альбом, где будет проведена «работа над ошибками» «Бунта на корабле». Однако, в связи со смертью главного вокалиста Михаила Горшенёва, дальнейшая судьба этой работы неизвестна.