Словакия была на стороне Гитлеровской Германии. Свои отношения с Германией Словакия начала устанавливать сразу же после поражения Франции и 15 июня 1941 года присоединилась подписанием соответствующего пакта к странам Оси.
1 сентября 1939 года словацкая полевая армия «Бернолак» в составе трех дивизий вторглась на территорию Польской Республики и заняла земли, которые были ранее утрачены Чехословакией в результате конфликта с Польшей 1920—1924 годов и в 1938 из-за Мюнхенского соглашения.
Готовясь к реализации плана «Барбаросса», Гитлер не брал в расчёт словацкую армию, которую считал ненадёжной и опасался братания по причине славянской солидарности. В составе немецкой 17-й армии элитная бригада словацкой армии численностью 3500 человек, вооружённая устаревшими лёгкими чешскими танками, приняла бой уже 22 июня, который закончился поражением. Прикомандированный к бригаде немецкий офицер отмечал, что работа штаба была ниже всякой критики. Было принято решение не допускать бригаду до участия в боях. Лишь доведённая до численности дивизии моторизованная бригада и легко вооруженный охранный дивизион в составе 8 500 человек принимал участие в борьбе с партизанами сначала под Житомиром, а затем и Минском.
На территории Беларуси словацкий охранный дивизион активно сотрудничал с местными партизанами. Начиная с массового освобождения советских военнопленных и передачи секретных документов в ходе банального подкупа и заканчивая дезертирством с последующим переходом на сторону противника.
Тем не менее Словацкая армия продолжала существовать и немецкое командование предполагало использовать её для создания оборонительного рубежа в Бескидах. К августу 1944 года всем стало ясно, что война проиграна и во всех балканских странах началось движение в пользу поиска путей выхода из войны. 27 августа 1944 взбунтовавшиеся словацкие солдаты убили на одном из вокзалов проезжавших 22 немецких офицеров, что вызвало немедленную реакцию немецких властей. Тогда же в центральной Словакии удалось поднять восстание, в котором приняло участие 47 000 человек. Войсковая часть ваффен-СС численностью в 10 000 под командованием обергруппенфюрера Бергера устранила возникшую в тылу опасность в чрезвычайно важной в стратегическом отношении части страны.
Тем не менее восставшим удалось в течение двух месяцев удерживать в своих руках перевал на Дукле, где между немецкой Первой танковой армией и советскими войсками велись тяжелые бои. После войны здесь был поставлен памятник 85 000 советских солдат. В ходе последних сражений отличился генерал Свобода, ставший одним из национальных героев послевоенной Чехословакии и её восьмым президентом.
Окончательно Словацкое восстание было подавлено введёнными в действие тремя немецкими дивизиями. Решающая операция была начата 18 октября 1944 года. Немцы захватили Банска-Быстрицу. С другой стороны во время карательных операций немцев погибло около 25 000 словаков. Около трети участников восстания разбежалось по домам. 40 % оказалось в немецких концлагерях. Малая часть ушла в партизаны. Эта победа немецкой армии в историческом смысле стала самой последней победой, которую Вермахт сумел одержать над армией другого государства. Одновременно она подвела к своему концу Первую словацкую республику.