Первые случаи применения бактериологического оружия были, когда человечество осознало, что трупы животных способны отравлять воду и делать источники водоснабжения непригодными для питьевых целей.
Несколько тысяч лет тому назад Хетты отправляли в расположение неприятеля больных туляремией.
Римляне успешно применяли бактериологическое оружие при осаде городов, с помощью катапульт они перебрасывали через стены трупы погибших от чумы.
Эпидемии чумы в Европе в средние века тоже приписывают применению бактериологического оружия. Во время осады Кафы (Феодосия) татарский хан забрасывал за стены трупы людей умерших от чумы. В городе началась эпидемия, а поскольку Кафа, была торговым портом, бежавшие купцы привезли чуму в Венецию, а из нее торговцы разнесли инфекцию по всей Европе.
В 18 веке, американские колонисты применили бактериологическое оружие против индейцев. Они расплачивались с племенами одеялами, зараженными оспой, это стало следствием эпидемии среди коренных жителей Америки.
В 1942 году Великобритания разрабатывала план применения сибирской язвы в войне с Германией, было произведено тестирование на острове Gruiard. Остров 49 лет оставался на карантине и был объявлен очищенным в 1990г.
В годы войны Япония проводила испытания на военнопленных. А также в боевых операциях на территории Китая и Монголии. Полученные данные легли в основу разработок в бактериологическом центре армии США, в обмен на защиту от преследования сотрудников японский нацистов, отряда 731.
Бактериологическое оружие также готовилось немецкими нацистами против Советской армии, испытания проводились в концлагерях Озаричи, но они были сданы без боя подчинившись ультиматуму и значимой эпидемии им вызвать не удалось. Против партизан фашистами, применялись заражения колодцев холерой, дизентерией, тифом и другими болезнями.
Во время Вьетнамской войны армия США активно применяли гербициды и дефолианты для уничтожения зеленого покрова, что повлекло за собой уничтожение более 5% сельхозугодий страны. Непосредственный ущерб здоровью был причинен 1,6 млн. вьетнамцев. Более 7 млн. человек были вынуждены покинуть районы. Эксперты расценивают эти факты, как применение бактериологического оружия.
В 2000х годах, террорист одиночка, в США рассылал письма с сибирской язвой. Были зафиксированы несколько случаев заражения.