Создателями ФК «Анжи» являются руководитель предприятия «Дагнефтепродукт» Магомед-Султан Магомедов и бывший футболист махачкалинского «Динамо» Александр Маркаров. 12 мая 1991 года «Анжи» провел свой первый официальный матч в рамках Чемпионата Дагестана. В этот день команда со счетом 3:1 обыграла «Зарю» из селения Костек (Хасавюртовский район). В том же году «Анжи», выиграв 16 из 20 календарных игр и ни разу не проиграв, стал чемпионом республики.
Успешное начало послужило толчком для дальнейшего развития клуба. После распада чемпионата СССР сезон 1992 года «Анжи» начал в зоне «Юг» второй лиги чемпионата России. Под руководством Махача Керимова команда финишировала на пятом месте. Александр Маркаров, один из основателей клуба, после девятилетнего перерыва возобновил карьеру игрока. В 13 матчах за «Анжи» лучший бомбардир в истории второй лиги чемпионатов СССР забил одиннадцать мячей. Любопытно, что в том сезоне вместе с Александром Ашотовичем на поле выходил его сын Михаил, впоследствии еще на протяжении нескольких сезонов выступавший за «Анжи».
В сезоне 1993 года руководство клуба пригласило на пост главного тренера Владимира Петрова, поставив перед ним задачу вывести команду в первый дивизион. «Анжи» закончил сезон на первом месте, но в связи с реорганизацией российского первенства коллектив остался во втором дивизионе.
Сезон 1994 года клуб начал с новым главным тренером. На эту роль в Махачкалу пригласили Ахмеда Алескерова, который начал строить новый коллектив. Однако в том же сезоне азербайджанский тренер покинул Дагестан, а «Анжи» завершил сезон на десятом месте уже под руководством Вячеслава Легкого.
Перед началом сезона 1995 у команды появился новый наставник. Им стал Рафаэль Сафаров, воспитавший таких известных игроков, как чемпионов России Михаила Куприянова («Спартак» Москва) и Нарвика Сирхаева («Локомотив» Москва), а также капитана «Маккаби» (Петах-Тиква) Мурада Магомедова. Впрочем, вскоре Сафаров был уволен, и его место занял Александр Маркаров.
Именно в 1995 году команда получила своеобразный толчок, позволивший ей выйти затем в первую лигу. «Анжи» уже тогда считался «кубковой» командой. Дойдя до стадии 1/16 финала Кубка страны, махачкалинцы встретились с будущим чемпионом России — владикавказским клубом «Спартак-Алания». Никто даже и предположить не мог, что Валерий Газзаев со своей дружиной в Каспийске потерпит поражение (в том году «Анжи» принимал гостей на каспийском стадионе «Труд»). Сначала все складывалось в пользу «Спартака-Алании». Анатолий Канищев забил мяч в ворота голкипера «Анжи» Андрея Мананникова в середине второго тайма, и гости уже были уверены в победе. Но на 88-й минуте Алиер Ашурмамадов провел ответный мяч, а уже в дополнительное время Михаил Маркаров забил второй мяч и принес махачкалинской команде сенсационную победу.
В следующей стадии Кубка «Анжи» в гостях разгромил сочинскую «Жемчужину» со счетом 3:0. Кубковый поход махачкалинцев на стадии четвертьфинала остановило московское «Динамо».
В 1996 году руководство «Анжи» пригласило в клуб легендарного тренера Эдуарда Малофеева, который за один сезон подарил дагестанским болельщикам долгожданный выход в первую лигу. Состав команды практически на 80 процентов состоял из местных воспитанников. Лучшим бомбардиром зоны «Юг» в очередной раз стал Гасанбеков. Одиннадцатый номер, который принадлежал Ибрагиму, после его гибели в июле 1999 года навсегда закрепили за нападающим и вывели из обращения.
1997 и 1998 годы ушли у «Анжи» на адаптацию в первой лиге. В 1999 году клуб поставил новую для себя задачу — выйти в высший эшелон российского футбола. Руководить командой был призван Гаджи Гаджиев, который входил в тренерский штаб олимпийской сборной СССР на «золотых» для страны Играх-1988 в Сеуле. Новый наставник «Анжи» почти полностью обновил команду, пригласив в нее малоизвестных футболистов. Опытный наставник, к удивлению футбольной общественности, с первой же попытки вывел команду в высшую лигу. Вплоть до последних туров Гаджи Муслимович не афишировал, что перед «Анжи» стоит высокая цель. Махачкалинский клуб, обыграв в решающем матче саратовский «Сокол» со счетом 1:0, обеспечил себе первое место и путевку в элиту.
Гаджиев не стал радикально обновлять состав и после повышения команды в классе. Он пригласил лишь одного футболиста — македонского легионера Небойшу Стойковича, который с первых же туров закрепился в основном составе. «Анжи» тех времен был настоящей «машиной». Дерзкий новичок ничем не уступал более именитым и опытным соперникам. Лишь раз команда проиграла в Махачкале — московскому «Спартаку» со счетом 0:2. Весь сезон находясь вверху турнирной таблицы, «Анжи» вполне мог завоевать бронзовые медали. В заключительном туре дагестанская команда встречалась в Москве с «Торпедо». Махачкалинцев устраивала ничья. Вплоть до последних секунд счет был 1:1. И тут свое слово сказал главный арбитр матча Юрий Ключников, который в компенсированное время назначил сомнительный пенальти в ворота «Анжи». Так команда Гаджиева распрощалась с надеждами на третье место. Тем не менее «Анжи» впервые в истории завоевал право выступить в Кубке УЕФА.
Но и здесь клуб постигла неудача. Руководство «Глазго Рейнджерс» отказалось играть в Махачкале, и УЕФА в этой ситуации приняла сторону шотландского клуба. В итоге соперники для определения победителя противостояния сыграли один матч вместо двух — на нейтральном поле в Варшаве. «Анжи» под руководством Александра Маркарова потерпел в этом матче досадное поражение со счетом 0:1, пропустив в концовке игры. А незадолго до этого махачкалинский клуб постигла другая обидная неудача. В финале Кубка России с московским «Локомотивом» дагестанская команда в серии послематчевых пенальти уступила железнодорожникам. Так была упущена реальнейшая возможность завоевать первый в истории клуба трофей.
В 2002 году «Анжи» крайне неудачно провел сезон и вылетел в первый дивизион. С 2003 года клуб всякий раз ставил задачу вернуться в элиту. Однако в силу различных причин махачкалинскому клубу до определенных пор не удавалось достичь этой цели. Лишь в 2009 году команда под руководством Омари Тетрадзе заняла первое место и вернулась в высший эшелон российского футбола.
После стартового матча следующего сезона в Премьер-Лиге с нальчикским «Спартаком» Тетрадзе покинул команду, а пост главного тренера занял Гаджи Гаджиев. Команда из-за кадровых проблем по ходу чемпионата не смогла подняться выше одиннадцатого места.
Зимой 2011 года владельцем «Анжи» стал Сулейман Керимов, и клуб начал стремительно развиваться по всем направлениям. Другими словами, началась Новая История «Анжи». Первым звездным новичком команды стал знаменитый бразилец Роберто Карлос. Позднее в команде появились Самюэль Это’О и Лассана Диарра, Юрий Жирков и Владимир Габулов, Ласина Траоре, Виллиан и другие новички.лавным тренером был назначен известнейший голландский специалист Гус Хиддинк. А клуб начал работать совершенно на ином, более высоком уровне, поставив перед собой серьезные задачи в российских и международных турнирах.
Главным тренером был назначен известнейший голландский специалист Гус Хиддинк. А клуб начал работать совершенно на ином, более высоком уровне, поставив перед собой серьезные задачи в российских и международных турнирах.
Сезон 2012/2013 «Анжи» завершил на рекордном для себя третьем месте, впервые в истории завоевав бронзовые медали чемпионата страны. Кроме того, команда добралась до финала Кубка России, где уступила в серии пенальти ЦСКА. Довольно успешно «Анжи» сыграл в Лиге Европы, дойдя до 1/8 финала. Махачкалинцы на своем пути обыграли такие команды, как «Ливерпуль», «Удинезе», «Янг Бойз» и «Ганновер 96».
В начале сезона-2013/2014 вектор развития клуба сменился, и «Анжи» расстался с рядом звездных игроков, а также с зарубежными наставниками: сначала с Хиддинком, затем – с его помощником Рене Меленстеном, возглавлявшим «Анжи» на протяжении нескольких туров. В итоге руководить командой в новых условиях было доверено Гаджи Гаджиеву, в тренерской карьере которого «Анжи» занимал особое место. Масштабное «переформатирование» отразилась на выступлении махачкалинцев в чемпионате. «Анжи» не удалось набрать достаточное количество очков, чтобы избежать вылета. Однако при этом команда вновь неплохо сыграла в Лиге Европы. Удачно пройдя групповой турнир, «Анжи» оказался сильнее «Генка» из Бельгии, но в 1/8 финала махачкалинцы уступили голландскому клубу «АЗ Алкмар».
В сезоне 2014/2015 в ФНЛ команда не сразу вышла в лидеры. Потребовалось некоторое время, чтобы значительно обновленный коллектив нашел свою игру. Это произошло уже ближе к концу первой части сезона, и рывок у подопечных Сергея Ташуева получился впечатляющий. Команда выиграла восемь из девяти игр перед уходом на зимние каникулы и не только вышла на первое место, но и прилично оторвалась от конкурентов. Две подряд победы весной, после возобновления первенства, казалось, обеспечили «Анжи» спокойную жизнь на финише. Однако затем команда несколько сбавила обороты, стабильно набирая очки дома, но раз за разом допуская осечки в гостевых матчах. Что не помешало «орлам» за тур до окончания первенства гарантировать себе выход в Премьер-Лигу со второго места.
К сезону в элитном дивизионе «Анжи» подошел под руководством нового главного тренера – Юрия Семина, одного из самых авторитетных отечественных специалистов. Два обидных и нелогичных домашних поражения от «Крыльев Советов» и «Локомотива» и минимальный проигрыш ЦСКА на выезде в первых трех турах поставили в сложное положение команду. Даже гостевая победа над московским «Спартаком» в 7-м туре не стала для «Анжи» тем психологическим трамплином, который помог бы выбраться из подвала турнирной таблицы. После ничьей в родных стенах с «Уфой» в десятом туре Семин и клуб приняли решение расстаться по обоюдному согласию, а команду возглавил рекордсмен «Анжи» по количеству проведенных матчей Руслан Агаларов, ранее на протяжении четырех сезонов руководивший «молодежкой» клуба. Новый наставник команды решил задачу на сезон – сохранил прописку в Премьер-Лиге.
Перед сезоном 2016/2017 «Анжи» возглавил чешский специалист Павел Врба. В Махачкалу тренер приехал после работы главным тренером сборной Чехии, которая под его руководством приняла участие в Чемпионате Европы. Врба проработал в «Анжи» до конца 2016 года. Вместе с ним «Анжи» провел 19 матчей, в которых одержал 7 побед, столько же раз сыграл вничью. После смены руководства Павел покинул клуб.
С приходом на пост президента «Анжи» Османа Кадиева главным тренером был назначен Александр Григорян, который дебютировал в российской Премьер-Лиге в качестве главного тренера. В составе «Анжи» произошли кардинальные изменения. Лишь небольшая часть игроков осталась в команде, клуб пополнился большим количеством новичков. Сезон желто-зеленые завершили на двенадцатом месте.
Начало сезона 2017/2018 оказалось для «Анжи» неудачным и руководство клуба рассталось с Григоряном. Его преемником стал белорусский тренер Вадим Скрипченко, ранее в российском чемпионате в качестве главного тренера работавший в «Урале» и «Крыльях Советов». Сезон для команды оказался неудачным и по его итогам «Анжи» занял 14 место, которое позволило сыграть в стыковых матчах за право сохранить место в Премьер-Лиге. В двухраундовом противостоянии сильнее оказался красноярский «Енисей». В первом матче махачкалинцы проиграли на выезде со счетом 0:3, а во втором одержали победу – 4:3. Таким образом наша команда фактически вылетела в ФНЛ. Однако по причине финансовых проблем у «Амкара» и, как следствие, отзыве у него соответствующей лицензии, пермский клуб был исключен из числа участников Премьер-Лиги, а позднее прекратил свое существование. Согласно регламенту «Анжи» был включен в число участников Премьер-Лиги сезона 2018/2019.
В июне 2018 года новым главным тренером команды был назначен молодой специалист, уроженец Чечни и экс-футболист «Анжи» Магомед Адиев.
Несмотря на все его усилия и желание сохранить команду в РПЛ Анжи всё же вылетел из РПЛ. В 2019 году Анжи был объявлен Банкротом и переведён в ПФЛ зоны Юг.