Изначально он возник как филиал лагеря Заксенхаузен, находившегося вблизи Берлина. Филиал в Гамбурге понадобился в ситуации, когда руководство Германии приняло решение начать интенсивное строительство в Гамбурге. За годы его существования через лагерь прошло 100 500 человек.
Лагерь отличался тем, что в нём не совершались массовые убийства заключённых. Это была скорее трудовая колония, нежели орудие массового уничтожения, как Освенцим или Бухенвальд. Но так как шла война, в него, помимо мирных жителей с завоёванных Германией территорий пригоняли также и военных офицеров.
Из известных актов массового убийства заключённых в Нойенгамме известны 2 случая отравления газом советских офицеров. В первый раз было убито 197 человек, не желавших идти ни на какой контакт, и во второй 251 человек по той же причине. Более случаев отравления людей газом в Нойенгамме не случалось.
Среди построек лагеря, помимо кирпичного завода, завода по производству пистолетов «Вальтер», крематория, бараков и т. д. существовала ещё одна, о которой знали только избранные: бордель. Женщины, «работавшие» в нём, содержались в условиях, которые с известной долей цинизма можно охарактеризовать как заботу о них. Их не насиловали и после разрушения лагеря их не преследовали, и многие смогли продолжить мирную жизнь. Услугами борделя пользовалось руководство лагеря и даже некоторые из «привилегированных заключённых».
В 1944 году начали строить кирпичные бараки, состоявшие из 4 блоков, в каждом из которых изначально должно было находиться 260 человек. Впоследствии их количество выросло до 500.
