Долгосрочные тенденции в области климата, гидрологии и геоморфологии способствовали формированию нынешних биомов южной части Африки. Данные по неогеновым ископаемым на суше неоднородны из-за геоморфологической эволюции субконтинента и ограниченного распространения подходящих отложений.
Тектонические исследования показывают, что рельеф местности ниже, чем в настоящее время, когда наступает неоген. Южная Африка была осушена двумя речными системами - реками Калахари и Кару, и на нее повлияло первоначально слабое, прохладное течение Бенгелы вдоль западного побережья, что постепенно способствовало тенденции засушливости вдоль юго-западного побережья.
Капский регион во время миоцена, когда началось развитие Большого уступов, характеризовался влажными субтропическими лесами, не отличающимися от тех, которые до сих пор встречаются на гораздо более влажном субтропическом восточном побережье южной части Африки. Южная Намибия (Сперргебиет), вероятно, была покрыта "прото-саванной"; гипер-аридность развивалась дальше на север вдоль побережья Намибии.
Вероятно, по мере подъема гидрологический режим изменился примерно 15 млн. лет назад, когда палео Кару и Каа были захвачены реками Калахари/Орандж и осушены западной частью ЮАР. На юго-востоке Африки отсутствуют ископаемые миоценовые окаменелости.
В юго-западной части Африки усиление засушливости и переход на режим зимних осадков в конце миоцена-пиоцена было вызвано развитием западной ветровой системы и дальнейшим усилением холодного течения Бенгелы, усиленным развитием антарктического листа и открытием пролива Дрейка.
На востоке юга Африки преобладали большие уступы и относительно короткие глубоко врезанные реки и более высокие осадки, чем на западе. В плиоцене наблюдалась эволюция биома Финбоса и сочного Кару, включая дальнейшее облучение нескольких адаптированных к засухе семейств растений, включающих астрецеев и айзоацеев.
При переходе к плейстоцену регион вокруг Стеркфонтейна на востоке центральной и южной частей Африки, имеющий важное значение для эволюции гоминидов, переживает переход от древесной среды к более ксерическим, открытым условиям.
Сегодня биома Саванны простирается от северо-востока Южной Африки до севера и Восточной Африки; пастбища и биомы Финбоса уникальны, а более засушливые биомы доминируют в западной половине юга Африки
Южная Африка располагает богатым разнообразием биомов. Эти биомы простираются от зимних осадков в регионах, охватывающих биому Финбоса и суккулентный биом Кару на западе до летних осадков в восточной и центральной части страны, включая уникальный для Южной Африки луговой биом и самое южное расширение биома Саванны. Последний простирается на север до Восточной Африки и играет важную роль в эволюции ранних гомининов. Растительность юга Африки претерпела глубокие изменения во время неогена, хотя некоторые биомы могут иметь палеогенное происхождение (например, заросли Олбани ).
В связи с засушливым климатом и эрозионным характером внутренних районов, большая часть ископаемых отложений скапливается вдоль побережья и на шельфе. Нехватка участков неогена на суше в южной части Африки делает изучение морских данных бесценным, поскольку позволяет, по крайней мере в ограниченной степени, определить растительность на суше.
Хотя прямых палеоботанических доказательств на неогеновых земных участках часто не хватает, геохимические подходы (например, исследования стабильных изотопов спелеотем или стабильных изотопных составов углерода и кислорода в скорлупе яиц ) дополняют знания об ископаемой среде.
На всем протяжении неогена наблюдалась общая тенденция к высыханию: от влажного раннего и среднего миоцена с колебаниями до современного засушливого и полузасушливого западного района зимних осадков, центрального субгумидного района и влажных восточных прибрежных районов, для последних двух из которых характерны летние осадки.
Палеогеография, изменение уровня моря и климат
По сравнению с другими континентами Африка характеризуется высоким уровнем рельефа, вызванным подстилающим супер-плюмом и приповерхностной тектоникой. После первоначального периода подъема, совпавшего с разрушением Гондваны около 130 млн. лет назад, юг Африки был спокойным до 30 млн. лет или до 20 млн. лет.
В период покоя между 130 и 30 годами до н.э. преобладала эрозия, и впервые признанная королем "Африканская поверхность" сформировалась и до сих пор сохраняется в некоторых крупных бассейнах, таких как бассейны Калахари, Конго и Чада.
Во время эоцена восточно-континентальная окраина южной части Африки была затоплена, а в последующем - олигоценом, за которым последовала регрессия. Кроме того, во время олигоцена относительно высокая высота на востоке страны привела к образованию трех крупных речных систем, одна из которых стекала на восток, а другая на запад.
Река Лимпопо и многие более мелкие, глубоко врезанные реки вдоль побережья Квазулу-Наталь и Восточного мыса с более крупной воскресной рекой на юге Капской провинции истощили внутренние воды, и примерно 30 млн. лет назад уступ вдоль восточного побережья Южной Африки образовался в результате эрозии и вызвал обильные осадки на восток.
В начале миоцена на низко-рельефный ландшафт повлияло зарождение все еще слабого, прохладного течения Бенгелы вдоль западного побережья, что медленно способствовало тенденции засушливости вдоль юго-западного побережья.
Бесспорно, глобальные палеогеографические изменения - например, открытие прохода Дрейка между Антарктидой и Южной Америкой и Тасманских ворот между Австралией и Антарктидой - привели к возникновению обходного антарктического течения и, соответственно, к росту ледникового покрова и климата Арктики.
Циркуляция Южного океана и большие антарктические ледниковые покровы установились около 34 млн лет назад, проход Дрейка открылся около 30 млн лет назад или около 24 млн лет назад, циркуляция и листы льда стабилизировались 8.5 млн лет назад.
В середине миоцена море Тетис, контролировавшее широкозонный климат, было закрыто в результате столкновения Африканской и Азиатской плит. На севере аридные, а затем гипер-засушливые условия вдоль западного побережья характеризовались ранним миоценом, на юге - средним миоценом.
После средне-миоценового климатического оптимального периода наблюдался период снижения температур. Более крутой климатический градиент проходил от экватора к полюсам, начиная с середины миоцена, что привело к образованию лугов и саванны, а также пиро-фитной растительности во всем мире. Бенгельское течение у западного побережья южной части Африки, система апвеллинга, охладилась примерно с 12 млн. лет назад и снова после 5 млн. лет.
Прохладное течение Бенгелы привело к зимним осадкам и полузасушливым условиям на большей части юго-западной оконечности Южной Африки. Сезонные колебания апвеллинга вызвали появление высокой биомассы планктона и крупных популяций пелагических рыб.
Напротив, теплое Агульское течение вдоль восточного побережья южной Африки уже существовало на всем протяжении неогена, о чем свидетельствует сильная эрозионная активность на южноафриканском шельфе, которая переносила олигоцен в четвертичные отложения. Во время плиоцена глобальный климат остывал еще больше до начала ледникового периода в плейстоцене.