В июне 1993 г. были выдвинуты предложения, направленные на создание условий для возвращения демократического правительства, и в августе 1993 г. Редха Малик был назначен премьер-министром. Тем не менее столкновения продолжались, унося жизни людей. В одном из столкновений погиб бывший премьер-министр Касди Мербах. К октябрю 1994 г. мусульманские экстремисты стали нападать на иностранцев, что вынудило последних покинуть страну. Реакция правительства стала более решительной, и к январю 1994 г. позиция армии начала упрочиваться, когда министр обороны генерал Лиамине Зероуал при помощи ВГС был назначен президентом.
В марте 1994 г. начались переговоры с запрещенным ИФС, и в апреле 1994 г. было сформировано новое правительство, которое возглавил премьер-министр Мокдад Сифи. Столкновения все же продолжались, и к середине 1995 г. трехлетняя война сил безопасности и исламских экстремистов унесла более 40 тысяч жизней. Экономика была подорвана, уровень безработицы возрос до 20%. Дальнейшей попыткой установить мир стали переговоры президента Зероуала с представителями всех главных политических партий.
В июле 1994 г. лидеры ИФС были освобождены из-под ареста, но поскольку столкновения продолжались, то в ноябре 1994 г. они были опять арестованы. Экстремисты продолжали террористические акты, одним из которых стало нападение на французский авиалайнер в декабре 1994 г. В ноябре 1995 г. проходили многопартийные президентские выборы. ИФС оставался запрещенным, а главные левые оппозиционные партии - ФНО и ФОС - отказались принимать в них участие, т. к. считали, что, прежде чем устраивать выборы, необходимо примирение нации. Зероуал выиграл выборы, а Национальное демократическое объединение (НДО), поддерживающее его режим, одержало убедительную победу на выборах в законодательный орган в 1997 г. хотя оппозиция считала выборы нечестными. В июле 1997 г. доктор Аббаси Мадани, лидер ИФС, находящейся вне закона, был освобожден под честное слово. Несмотря на это, гражданская война, унесшая с 1992 по 1997 г. 80 тысяч жизней, продолжалась. В сентябре 1998 г. президент Зероуак оповестил о своем намерении уйти в отставку досрочно, оставляя страну в состоянии неопределенности.
В апреле 1999 г. состоялись президентские выборы. Их выиграл военный кандидат от ФНО Абдель-Азиз Боутерфлика, опытный политик, бывший министр иностранных дел. Новый президент нуждался в более сильной народной поддержке, т. к. в последнюю минуту выборы были бойкотированы оппозиционными партиями, которые объявили о том, что военные намерены фальсифицировать результаты. После победы Боутерфлика объявил, что новое правительство попытается добиться окончания гражданской войны путем переговоров, но разрешит ИФС действовать легально и с помощью военных будет бороться против террористов. Он также пообещал улучшить состояние экономики, сократить уровень безработицы и решить проблему бедности. Он считал, что эти факторы являются основной причиной беспорядков. В июне 1999 г. Аббаси Мадани, лидер ИФС, объявил о прекращении борьбы и призвал другие повстанческие группировки следовать их примеру. В то же время президент Боутерфлика пообещал амнистировать тех, кто сдастся.
