Добры дзень! Вы па тэхналогіі, дзякуй за чытанне! Кожны станоўчы і добры каментар грэе маю душу!
Артыкул суб'ектыўны і выражае асабістае меркаванне аўтара.
MICHAEL SKINNIDER AND CRAIG KERR, Універсітэт Брытанскай Калумбіі
Па-першае, даследчыкі ствараюць пазначаны бялок, які служыць прынадай для спуску бялковых комплексаў. Яны пачынаюцца з бібліятэкі кланаваных генаў чалавека, званай ORFeome. Затым яны ўводзяць ген з гэтай бібліятэкі ў плазміду і ўстаўляюць плазміду ў культываваныя клеткі нырак эмбрыянальных чалавека. Плазміда таксама змяшчае генетычныя інструкцыі для кароткага пептыда, атрыманага з ненукарыётычных клетак, які дзейнічае як ручка для ачысткі. Гэта азначае, што, калі клеткі перавышаюць экспрэсію бялку, закадаванага ўведзеным генам, бялок таксама нясе пептыдныя тэгі, якія звісаюць са свайго С-канца.
Хоць гэты метад ідэнтыфікуе як прамыя, так і ўскосныя ўзаемадзеяння, ён не можа адрозніць іх. Пры прамых узаемадзеяннях два вавёркі датычацца адзін аднаго, а пры ўскосных узаемадзеяннях вавёрка можа быць аддзелена ад пазначанага адным некалькімі ў комплексе. У сярэднім, бялок на экране мае каля 10 узаемадзеянняў, кажа Хатлін.
ВЫНІКІ: У 2017 годзе Хатлін і яго калегі адлюстравалі больш за 56 000 узаемадзеянняў у эмбрыянальных клетках нырак чалавека, захапіўшы больш за 25 працэнтаў генаў, якія кадуюць бялок у геноме чалавека, і стварылі самую вялікую да цяперашняга часу сетку чалавечых інтэрактамаў (Nature, 545: 505– 9, 2017). Іх карта выявіла больш за 29 000 раней невядомых асацыяцый.
Даследчыкі выкарыстоўвалі іх карту, каб намаляваць сетку бялкоў, звязаных з сотавай фітнес. Яны таксама выкарыстоўвалі базу дадзеных генаў, звязаных з хваробамі, каб стварыць сеткі ўзаемадзеяння для гэтых хвароб.
ЗА:
Узаемадзеянне адбываецца ад бялкоў, выяўленых у іх родным асяроддзі.
Сверхэкспрессированные пазначаныя вавёркі могуць выцягваць комплекс з адносна нізкай колькасцю, якія звычайна цяжка выявіць метадамі масавай спецыфікацыі пратэёмікі.
Мінус:
Гэты метад звычайна не можа адрозніць прамыя і ўскосныя ўзаемадзеяння.
Метад змагаецца за выяўленне часовых узаемадзеянняў, якія развальваюцца падчас ачысткі.
Памер або таксічнасць могуць перашкодзіць клеткам экспрэсаваць некаторыя пазначаныя вавёркі.
Пептыдная тэг можа патэнцыйна перашкаджаць фарміраванню складаных.
Дынаміка сеткі
ТЭХНІКА: прафіляцыя пратэінавай пратэінацыі (PCP) і ўстойлівае маркіраванне ізатопаў млекакормячых (SILAM) Фостэр і яго калегі хацелі захапіць змены ў сетках узаемадзеяння бялкоў у вялікіх маштабах, асаблівасць немагчымая для Y2H і AP-MS, якія дазваляюць зрабіць здымак інтэрактома. Яны выкарыстоўвалі свой падыход, каб параўнаць інтэрактомы клетак у розных тканінах мышы. (У папярэдняй працы былі разгледжаны толькі адзін тып тканіны альбо клеткі.)
Прадказанні, якія звычайна выкарыстоўваюцца для выяўлення біямаркерных захворванняў, былі прыблізна такімі ж дасведчанымі.
Для гэтага даследчыкі сартавалі бялковыя комплексы па памерах, затым выкарыстоўвалі мас-спектраметрыю для іх выяўлення і колькаснай ацэнкі. Іх метад прафілявання выгадны з ідэі, што вавёркі, якія разам падарожнічаюць падчас храматаграфіі ці электрафарэзу, верагодна, з'яўляюцца часткай аднаго комплексу. Ізатопная этыкетка, уключаная ў аргінін з маркіроўкай 13С, які падаецца мышам, дае магчымасць вымераць колькасць кожнага комплексу адносна ўсяго ўтрымання бялку.
Даследчыкі збіралі ў мышэй сэрца, мозг, шкілетныя мышцы, лёгкія, ныркі, печань і тымус. Затым яны выкарыстоўвалі храматаграфію для падзелу бялковых комплексаў у кожнай тканіны па памеры. Яны сабралі 55 фракцый з кожнай калонкі і вымералі ўзровень бялку ў кожнай фракцыі з выкарыстаннем мас-спектраметрыі. Алгарытм параўнаў узровень кожнага бялку ў кожнай фракцыі, каб выявіць вавёркі, якія мігруюць разам.
ВЫНІКІ: З сямі розных тканін даследчыкі вызначылі 38.117 узаемадзеянняў, каля 70 адсоткаў якіх былі новымі (bioRXiv, DOI: 10.1101 / 351247, 2018).
Нешматлікія тканкавыя карты ўзаемадзеяння зыходзяць з эксперыментальных вымярэнняў. Большасць з іх прыходзіць з мадэлявання, выкарыстоўваючы экспрэсію, звязаную з тканінамі, і пратэіна, каб прадбачыць, як можа змяніцца агульны інтэрактам арганізма ў гэтай тканіны. Але калі каманда Фостэра параўнала свае эксперыментальна вымяраныя тканкава-інтэрактомы з прагнозамі, прагнозы, якія звычайна выкарыстоўваюцца для выяўлення біямаркерных захворванняў, былі прыблізна такімі ж дасведчанымі. "Нашы дадзеныя паказваюць, што падыход [да прагназавання ўзаемадзеянняў] не з'яўляецца надзейным", кажа Фостэр.
ЗА:
Этыкетка ізатопаў дазваляе даследчыкам лёгка адсочваць, як узаемадзеянне змяняецца ў адказ на розныя раздражняльнікі.
Родныя вавёркі, выдзеленыя з тканіны, адлюстроўваюць комплексы, якія ўтвараюцца ў фізіялагічна адпаведных умовах.
Прафіляцыя пратэінавай карэляцыі дазваляе вымераць мноства розных сетак узаемадзеяння ў розных тканінах, задача занадта складаная для масавых спецыфічных падыходаў-ачысткі і немагчымая ў дражджавых тканінах без тканін.
Зыходзячы з досведу картаграфічнага ачысткі, Фостэр ацэньвае гэты падыход да PCP у 50 разоў хутчэй, чым масы спецыфічнага ачысткі.
Мінус:
Метад не можа адрозніць прамыя і ўскосныя ўзаемадзеяння.
Акрамя таго, ён не можа падзяліць ідэнтычнасць двух комплексаў, якія мігруюць і дрэнна спрабуюць знайсці вавёркі з малым багаццем.
Калі вам, сябры, спадабалася, буду рады, калі вы націснеце «падпісацца»! Акрамя таго, не забывайце пра свае каралеўскія падобныя і шчырыя каментарыі пад гэтым артыкулам. Дзякуй за ўвагу!