В 1812 году в храме обосновались французы, но не нанести большого ущерба в отличии от советской власти.
Эта православная церковь построена из белого камня на высоком берегу мыса, образованного слиянием рек Десны и Пахры около Подольска. Она знаменита уникальной архитектурой в стиле барокко, необычной для русского зодчества. Каменный храм был заложен 22 июля 1690 года. Время постройки — с 1690 по 1703 год.
Предположительно, в строительстве участвовали иноземные (возможно итальянские) мастера, выписанные князем Голицыным специально для этой цели.
Отличие голицынских построек от петровского барокко состояло в том, что они ориентировались не на североевропейские (шведские, голландские), а на итальянские образцы (которые, в свою очередь, могли быть подчерпнуты в третьих странах-Речи Посполитой, Австрии).
Церковь Богородицы строилась из местного белого камня, из каменоломен с берегов Пахры.
Наружные стены храма обработаны рельефной кладкой в стиле rustico.
Фасад украшен множеством различных изображений ангелов, скульптур старцев, одетых в мантии: Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Василия Великого.
Хотя скульптурное изображение библейских персонажей не являлось традиционным для русской церковной архитектуры того времени.
Венчает храм не шатёр, не шлем и не маковка, а корона.