Необычная история окружает этот архитектурный ансамбль с момента начала строительства. Строившийся как резиденция старого сподвижника Петра Великого, адмирала Александра Кикина, ей не было суждено стать таковой.
Первые упоминания о Кикиных палатах относят нас на несколько веков назад, а именно в 1714 года, когда предположительно было начато строительство величественного произведения искусства.
Спустя недолгие шесть лет, к 1720 году процесс строительства уже был завершен, но хозяина комплекса уже небыли в живых. Адмирал-советник Петра Первого, Кикин Александр, был казнен за два года до завершения строительства резиденции, в 1718 году, а палаты стали принадлежать государству. Доподлинно неизвестно, кто именно является автором первоначального проекта архитектурного комплекса, по предположениям историков им был сам Андреас Шлютер, один из ярчайших представителей раннего барокко в Германии.
После перехода комплекса в государственные владения, с девятнадцатого по двадцать седьмой годы, на территории комплекса находилась библиотека Петра Первого, а также коллекция кунсткамеры. Недолго палаты сохраняли свой первозданный вид, и в двадцатые годы здание было перестроено. К сожалению, имя архитектора, руководившего проектом остается неизвестным. Спустя десятилетие, в тридцатые годы, на территории комплекса стали располагаться лазарет, церковь, а также канцелярия.
Спустя столетие комплекс вновь подвергся перестройке, на этот раз имя архитектора точно известно, им был Александр Штауберт. По ее результатам палаты лишились декора в стиле барокко.