Сначала Менгеле был обычным военным, однако в 1942 году он вернулся к службе в Главном управлении СС по вопросам расы и поселения. Именно в тот период для него началась новая карьера – карьера Доктора Смерти.
Большую часть работы занимали опыты Йозефа Менгеле над заключёнными в концлагерях. Он мог выбрать себе понравившихся людей для опыта, иногда он прямо у поезда встречал прибывших, чтобы выбрать новых жертв. У таких людей, как правило, имелись, привилегии: их лучше кормили, они не надрывались на тяжелейших работах, их не запирали в газовых камерах. Пока у них был статус «подопытные», они полностью находились во власти Менгеле Йозефа.
Однако зачастую такие эксперименты заканчивались плохо: болезнями или смертью. Если человек тяжело заболел, то Менгеле специально умерщвлял их. Всё зависело от того, как чувствуют себя подопытные. Если опыты на них никак не влияли, то они становились обычными заключёнными.
Среди проведённых опытов Доктора Смерти можно отметить:
1) анатомирование живых новорождённых детей;
2) кастрация мужского пола без анестезии;
3) женщины получали разряды током, чтобы выявить, какую степень боли они смогут перенести;
4) стерилизация женского пола рентгеном;
5) эксперименты над близнецами: изменения оттенка глаза путём введения разного рода химических веществ, ампутация, попытки сделать сиамских близнецов;
6) опыты над карликами.
Однажды Менгеле всё-таки сшил сиамских близнецов, после чего дети получили заражение крови и умерли.
Мало кто выживал после таких ужаснейших экспериментов.
Несмотря на ужасные муки, через которые прошли не только взрослые, но и дети, Доктор Смерть не понёс никакого наказания за свои издевательства над людьми, однако до конца жизни ему пришлось скрываться.
В 1979 году стало известно, что Менгеле Йозеф погиб, утонув в океане.