Материалы могут включаются в стоимость работ в случае, если это самые обычные материалы, как то - пол из доски древесины хвойных пород (сосна, ель), окна и двери - также из обычных пород древесины, отделка - как правило, из "вагонки".
Если говорить о других материалах, то стоимость работ скорректируется на разницу в цене между, например, окном из сосны и окном из лиственницы; или кровлей из рубероида и кровлей из керамической черепицы и т.п.
Фундамент можно оговорить отдельно в том смысле, что его можно включить в стоимость плотницких работ. Это право выбора договаривающихся сторон.