Осваивал новый для себя вид охоты Номоконов не в одиночку. Среди сослуживцев он встретил своего земляка - авторитетного снайпера Санжиева, на счету которого на тот момент числились около 200 уничтоженных гитлеровцев. Первый боевой выход Семена Номоконова был как раз в паре с Санжиевым. Заняв позиции, снайперы поджидали добычу. Обнаружив цель, Санжиев открыл огонь и промахнулся. Ответная немецкая пуля оказалась смертельной для бурятского аса. Пораженный так просто оборванной жизнью боевого товарища, Номоконов поклялся отомстить гитлеровцам и, в частности, убийце Санжиева.
Номоконов несколько дней выслеживал немца, лежа в сыром окопе, передвигаясь только ночью и умело маскируясь. Охота на вражеского снайпера завершилась его мастерской ликвидацией, а Семен Номоконов нанес на свою табачную трубку первую отметку. Коллег-снайперов удивляли странности Семена Даниловича. Винтовке с оптическим прицелом он предпочитал «трехлинейку» Мосина (на оптику его убедили перейти в 1942-м). При себе он традиционно держал всевозможные шнурки, нитки, осколки зеркал. На ногах носил чехлы из конского волоса, делающие его перемещение бесшумным. Все эти приспособления с детства позволяли Семену обманывать зверей, теперь же он использовал свои знания в охоте на людей. За подобные повадки сослуживцы прозвали Номоконова «таежным шаманом».
Он маскировался так, что его подолгу не обнаруживали даже свои, не говоря уже о немцах. Снайпер устраивал себе многочасовые лёжки в пшеничных полях, перевоплощался в валуны и пни, а как-то раз замаскировался под дымовую трубу на крыше сгоревшего здания. Фамилия Номоконова была известна врагу. Один из плененных фашистов рассказывал, что среди немцев ходят слухи, будто в рядах русских снайперов появился подобный Чингисхану хитрый и жестокий тунгус. Немцы устроили на него настоящую охоту, посылая по его неуловимым следам лучших стрелков и разведчиков.
Разозлил фашистов Номоконов в октябре 1941-го, сразив генерал - майора гитлеровской ставки, прибывшего проинспектировать войска первой линии. На сибиряка охотилась даже вражеская артиллерия. Как только он выстреливал в очередную цель, на район его позиции, помимо плотного стрелкового огня, обрушивался свинцовый дождь из минометов и артиллерии всех калибров. Номоконова ранили как минимум девять раз, также его несколько раз контузило. Однако достать ювелирно работающего советского снайпера нацистам так и не удалось.