Действия игры происходят в южной части Тихого океана. Джек Карвер (протагонист) — бывший спецназовец, нынче владелец небольшой компании, сдающей в аренду лодки в Микронезии. Его нанимает журналистка Валерии Константин на остров Кабату. Подплыв к острову на скутере, Валерии высаживается на него, а Джек остаётся на яхте. В этот момент с острова по яхте выстреливают из гранатомёта, и она разлетается в щепки. Джек успевает спрыгнуть до взрыва и плывёт под водой на остров, обстреливаемый охранниками, и всплывает внутри заброшенного комплекса японских бункеров. Выбравшись, он обнаруживает недружелюбных наёмников, которые устраивают за ним охоту. Джек находит телефон, по которому с ним связывается таинственный помощник по имени Дойл и проводит его по острову. Джеку нужно найти Валерии, и когда он попадает на разрушенный авианосец, где держали Валерии, оказывается, что её уже депортировали. Вскоре, на форте Джек подслушивает разговор Криггера про исследования с мутагеном и сверх людей. На пирсе Джек встречает Дойла, который отвозит на остров, где проводятся исследования, и там должна находиться Валерии. Герой оказывается в пещере, где ведутся какие-то секретные разработки, и встречает мерзких чудовищ — трайгенов, мутировавших приматов. На верхушке холмов того острова Джек замечает улетающий вертолёт, на который сажают Валерии, и хватается за перила, но Валерии сталкивает Джека и прыгает вместе с ним в открытый океан. Валерии оказывается агентом ЦРУ. Она рассказывает ему о том, что выбор его в качестве владельца яхты был вызван спецназовским прошлым, а также рассказывает о закрытых разработках одного учёного и просит помочь ей взорвать лабораторию с помощью небольшого атомного заряда.
В игре присутствует три многопользовательских режима:
- «Free For All» — стандартный режим Free-For-All;
- «Team Death Match» — командный Deathmatch;
- «Assault» — тип командной игры, в котором атакующая команда должна захватить три вражеские базы, одну за другой, причём за определённое время. Обороняющаяся команда должна отражать атаки врага, пока не будут захвачены все базы или не закончится время. После чего команды меняются местами. Победа присуждается команде, которая захватила большее количество баз за меньшее время.
В игре Far Cry задействован игровой движок, разработанный Crytek — CryEngine. До Far Cry этот движок был использован в технологическом демо X-ISLE: Dinosaurs Island, созданном Crytek, чтобы показать способности видеокарт NVIDIA GeForce 3.
Вся территория уровня доступна сразу, без загрузок. Также отсутствуют загрузки между внутренними и наружными помещениями, хотя используются различные модели освещения. Детали персонажей улучшены благодаря технологии PolyBump, которая также разработана Crytek.