Еще в начале правления Александра II власти Петербурга разрешили устроить в городе римско-католическое кладбище с часовней, под которое были выделены казенные земли на Выборгской стороне, называемые еще Куликовым полем. Проект часовни был выполнен известным архитектором высочайшего двора Н.Л. Бенуа.
Храм был заложен 2 июля 1856 г., а комитет по строительству часовни и устройству кладбища возглавил отец Доменик Лукашевич, приор собора святой Екатерины, что на Невском проспекте. Уже в 1859 году состоялось освящение нового храма во имя Посещения Пресвятой Девой Марией Елизаветы митрополитом В. Жилинским.
В церковном подземелье были захоронены останки архиепископа И. Головинского, который скончался в 1855 г. Позже там были похоронены другие церковнослужители. Кроме того, в храме были устроены усыпальницы графов Потоцких и семьи Бенуа, а в 1898 г. здесь было погребено тело и самого архитектора церкви, Николая Бенуа. Надгробия католических иерархов были выполнены из мрамора и изображали умерших, лежащими в полный рост, облаченных в торжественные одежды с митрой на голове.
Часовня представляла собой базиликальное сооружение в форме латинского креста, установленного на основании подвала-склепа. Поперечный трансепт внутреннего пространства и продольный неф перекрывали крестовые своды. Какие-либо высотные детали отсутствовали, исключение составлял лишь крест в пересечении двускатных кровель. Украшением часовни был перспективный неглубокий портал западного входа, с расположенной над ним витражной розой и узкие окна по периметру часовни под аркатурным поясом карниза. Около двадцати лет часовня выглядела именно так.
В 1877 г. разбогатевшим польским приходом было принято решение придать часовне статус храма. По проекту Н.Л. Бенуа к зданию была пристроена восьмигранная колокольня с ярусом звона, а также высоким шатром, который венчал католический крест. Благодаря реконструкции, здание часовни приобрело эклектичные формы. Роспись храма выполнил художник Адольф Шарлемань. Переосвящение храма состоялось в 1879 г. Он стал носить имя Посещения Пресвятой Девой Марией Елизаветы. Статус приходского костела он получил в 1902 г. В том же году в ремесленных мастерских о. Антония Малецкого по проекту Станислава Волоцкого были изготовлены два дубовых алтаря.
С 1912 г. захоронения на кладбище были ограничены. А в 1918г. архиепископ фон Ропп, боясь национализации кладбища, распорядился закрыть кладбище. Но, несмотря на его усилия, в 1920г. кладбище было национализировано. Многие памятники были разорены, а могилы загрязнены. Тем не менее, в период с 1918 по 1933 гг. созданная сестрами общины блаженной Болеславы Ламент школа при кладбищенской церкви продолжала действовать подпольно. Часто уроки проводились даже в надгробных часовнях. Помимо этого, при церкви были построены монументальная мастерская, приходской дом, дом для престарелых, школа, приют «Ясли».
В 1923 году пожар уничтожил практически все внутреннее убранство храма. Церковь продолжала действовать вплоть до ноября 1938 г., несмотря на то, что часть кладбища в то время была уже разрушена, на ней располагался чугунолитейный завод. В 1939 г. Красногвардейским райсоветом было принято решение об окончательной ликвидации старинного Выборгского кладбища, которое и было уничтожено в период с 1939г. по 1949 г. Храм окончательно закрыли, приход был ликвидирован. В здании сначала хранили картофель, а потом перестроили для промышленного использования, полностью уничтожив колокольный шпиль. Вплоть до нашего времени в здании находилась лаборатория Агрофизического института.
С 1991 г. Римская Католическая Церковь начала борьбу за возврат здания, и в 1992г. приход был зарегистрирован официально. 31 мая 2005 г. Католической Церкви было возвращено здание храма Посещения Пресвятой Девой Марией Елизаветы. Сейчас здесь проводятся мессы.
Здание храма включено в Единый государственный реестр памятников истории и культуры народов Российской Федерации как объект культурного наследия, имеющий региональное значение.