17 октября 1888 года Александр III с супругой и детьми был на завтраке в вагоне-столовой, когда внезапно мощный толчок сбросил всех в поезде со своих мест.
10 вагонов императорского поезда сошли с рельсов в 14 часов 14 минут на 295 километре линии Курск — Харьков — Азов у станции Борки под Харьковом. Первый сильный толчок сбросил людей с их мест. Люди услышали страшный треск, затем произошел второй толчок, более мощный, по сравнению с первым. Третий толчок был слабым, после него поезд остановился.
Все бросились на поиски императорской семьи и нашли их уцелевшими. Александр III с императрицей Марией Федоровной, детьми и свитой во время катастрофы находились в вагоне-столовой, который теперь был полностью разрушен. Император, обладавший недюжинной силой, держал на своих плечах крышу, пока его родные и слуги спасались из-под обломков.
Из искореженного вагона-столовой, без колес и со сплюснутыми стенами, благополучно выбрались император с супругой, цесаревич Николай, великий князь Георгий Александрович, великая княжна Ксения Александровна, свита, приглашенная к завтраку. Многие отделались царапинами и ушибами.
Только пять вагонов и оба локомотива уцелели благодаря сработавшим автоматическим тормозам. Вагон с придворными и буфетной прислугой был полностью разрушен, а все его пассажиры погибли.
Весть о крушении быстро разлетелась и помощь поспешила со всех сторон. Императорская семья активно участвовала в ликвидации последствий. Государь лично руководил извлечением жертв и пострадавших из-под обломков поезда, а императрица с медперсоналом обходила раненых и оказывала им помощь.
Делом о крушении в Борках занялся прокурор Анатолий Кони. Основной версией катастрофы стали превышение поездом скорости и плохое состояние железной дороги. На момент аварии вагоны были в прекрасном состоянии и 10 лет исправно служили без происшествий. Поезд состоял из 15 вагонов, которые тянули два локомотива. В нарушение всех правил, по которым в пассажирском поезде было допустимо только 42 оси, в императорском составе их было 64. Кроме того, с таким весом состав должен был следовать со скоростью не более 40 км/ч, но в действительности скорость составила 68 км/ч.
Результатом расследования стала отставка министра путей сообщения и нескольких других крупных чиновников и назначение Витте начальником императорских железных дорог.
Примечательно, что несмотря на официальную позицию, совершенно другая версия крушения была изложена в воспоминаниях русского генерала Владимира Сухомлинова. Он утверждал, что крушение произошло из-за взрыва бомбы, подложенной в состав революционером, который устроился на поезд помощником императорского поезда.
На месте катастрофы был вскоре установлен скит, названный Спасо-Святогорским. Там же был сооружен храм во имя Христа Спасителя Преславного Преображения и часовня.