В случае, когда основное место работы сотрудника находится в одном филиале организации, а в другом филиале он оформлен как совместитель, перечислять НДФЛ и страховые взносы с его зарплаты должны оба филиала.
Источник: Письмо Минфина от 06.02.2018 № 03-04-06/6908 (http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&cacheid=9C5ED439EAA45CA881AA9F996637C1F2&BASENODE=17&ts=211559768805286646817517275&base=QUEST&n=174080&rnd=0.16460480333935834#05126755115950692)
Конечно, при условии, что оба подразделения наделены полномочиями по начислению выплат в пользу физлиц.
При этом каждый из филиалов должен начислять и уплачивать взносы и НДФЛ только с тех сумм, которые сотрудник получил за работу именно в этом подразделении. Соответственно, 6-НДФЛ и расчет по взносам в отношении выплат в пользу такого работника-«многостаночника», также должны представлять в ИФНС оба филиала.
Новости для бухгалтера на сайте: http://glavkniga.ru/news