История главного южноамериканского клубного турнира, проходящего под эгидой КОНМЕБОЛ (Южноамериканская конфедерация футбола), уходит корнями в середину XX века.
В 1948 году в Чили прошёл Клубный Чемпионат Южной Америки, ставший первым международным турниром среди клубов. В нем участвовали клубы 7 стран, победителем стал бразильский Васко да Гама. Данный турнир в настоящее время официально признан предшественником Кубка Либертадорес.
Следующий шаг по развитию международного клубного футбола был сделан в Европе: в 1955 году прошел первый в истории Кубок европейских чемпионов (предшественник Лиги Чемпионов).
Первый же Кубок Либертадорес состоялся по инициативе уругвайцев через пять лет в 1960 году. Кубок назван в честь Либертадорес - исторических лидеров войны за независимость испанских колоний в Америке. В Европе турнир называли Кубок южноамериканских чемпионов.
Первый турнир выиграл уругвайский клуб Пеньяроль, обыграв в финале парагвайскую Олимпию (1:0; 0:0).
Изначально в Кубке Либертадорес участвовали только победители национальных чемпионатов, однако с 1966 организаторы стали привлекать и вице-чемпионов.
До 1970 победитель предыдущего розыгрыша допускался сразу в полуфинал следующего.
В 1971 началась тотальная гегемония аргентинского футбола, в частности клуба Индепендьенте, выигравшего турнир четыре раза подряд (1972-1975), что до сих пор является рекордом.
В 1976 аргентинцев потеснил бразильский Крузейро, обыграв в финале Кубка Ривер Плейт.
В 1979 турнир выиграла парагвайская Олимпия, став представителем четвёртой страны среди победителей Кубка Либертадорес.
В 1988 года в правила организации Кубка Либертадорес были внесены коррективы. До этого лучшие команды предварительных групп разбивались на две финальные группы, к ним добавлялся победитель КЛ, а в результате кругового турнира победители финальных групп боролись за титул. С 1988 после предварительного группового раунда ввели раунд плей-офф. Кроме того отказались от проведения третьего матча в финале в случае равенства очков и ввели дополнительные два тайма и пенальти, если понадобится. Стали смотреть на разницу мячей.
С 1989 по 1991 Кубок доставался командам, не входящим в «Большую тройку» (клубы Аргентины, Бразилии и Уругвая): 1989 - Атлетико Насьональ (Колумбия), 1990 - Олимпия (Парагвай), 1991 - Коло-Коло (Чили).
С 1992 года победитель Кубка начинал борьбу с группового раунда.
В 1998 году КОНМЕБОЛ допустила к участию 2 мексиканские команды. Уровень футбола в Мексике на голову выше всех соседей по Северной Америке, поэтому такой шаг давно напрашивался. Впервые в Кубке Либертадорес появился квалификационный раунд. По 2 команды от Мексики и Венесуэлы стали проводить 2х-круговой турнир — 2 победителя выходили в основной раунд КЛ. Как правило, обе мексиканские команды проходили дальше.
В настоящее время для разных стран выделены определённые квоты на количество участвующих клубов. Так, Бразилия и Аргентина имеют 5 представителей в турнире, остальные страны — по 3. Победитель турнира получает путёвку в следующий розыгрыш вне квот. С 2011 путевку на турнир также получает победитель Южноамериканского кубка (аналог Лиги Европы) предыдущего года, однако его участие не ведёт к увеличению квоты его страны, он получает одно из уже выделенных мест.
Турнир стартует с предварительного раунда, в котором участвуют 12 команд (по 1 представителю от каждой страны и 2 представителя от страны победителя предыдущего розыгрыша). Победители предварительного раунда и 26 команд, напрямую попавших в групповой этап, посредством жеребьёвки делятся на 8 групп по 4 команды в каждой. Жеребьёвка турнира проводится один раз и определяет пары предварительного раунда и распределение команд по группам.Две лучшие команды выходят в плей-офф.
Для распределения команд по парам в плей-офф, прошедшие команды получают рейтинговый номер (с 1 по 16), который определяется по статистическим показателям (очки, разница мячей, количество забитых мячей и количество мячей, забитых в гостях), причём победители групп получают номера с 1 по 8, а команды, занявшие вторые места, — с 9 по 16.
В 1/8 финала команда с номером 1 встречается с командой с номером 16, команда 2 — с командой 15 и т. д. Таким образом строится сетка плей-офф вплоть до финала.
Финал Кубка Либертадорес состоит из двух матчей: на своём и чужом поле.
Победители Кубка Либертадорес:
1960 Пеньяроль (Уругвай)
1961 Пеньяроль (Уругвай)
1962 Сантос (Бразилия)
1963 Сантос (Бразилия)
1964 Индепендьенте (Аргентина)
1965 Индепендьенте (Аргентина)
1966 Пеньяроль (Уругвай)
1967 Расинг (Аргентина)
1968 Эстудиантес (Аргентина)
1969 Эстудиантес (Аргентина)
1970 Эстудиантес (Аргентина)
1971 Насьональ (Уругвай)
1972 Индепендьенте (Аргентина)
1973 Индепендьенте (Аргентина)
1974 Индепендьенте (Аргентина)
1975 Индепендьенте (Аргентина)
1976 Крузейро (Бразилия)
1977 Бока Хуниорс (Аргентина)
1978 Бока Хуниорс (Аргентина)
1979 Олимпия (Парагвай)
1980 Насьональ (Уругвай)
1981 Фламенго (Бразилия)
1982 Пеньяроль (Уругвай)
1983 Гремио (Бразилия)
1984 Индепендьенте (Аргентина)
1985 Аргентина Хуниорс (Аргентина)
1986 Ривер Плейт (Аргентина)
1987 Пеньяроль (Уругвай)
1988 Насьональ (Уругвай)
1989 Атлетико Насьональ (Колумбия)
1990 Олимпия (Парагвай)
1991 Коло-Коло (Чили)
1992 Сан-Паулу (Бразилия)
1993 Сан-Паулу (Бразилия)
1994 Велес Сарсфилд (Аргентина)
1995 Гремио (Бразилия)
1996 Ривер Плейт (Аргентина)
1997 Крузейро (Бразилия)
1998 Васко да Гамма (Бразилия)
1999 Палмейрас (Бразилия)
2000 Бока Хуниорс (Аргентина)
2001 Бока Хуниорс (Аргентина)
2002 Олимпия (Парагвай)
2003 Бока Хуниорс (Аргентина)
2004 Онсе Кальдас (Колумбия)
2005 Сан-Паулу (Бразилия)
2006 Интернасиональ (Бразилия)
2007 Бока Хуниорс (Аргентина)
2008 ЛДУ Кито (Эквадор)
2009 Эстудиантес (Аргентина)
2010 Интернасиональ (Бразилия)
2011 Сантос (Бразилия)
2012 Коринтианс (Бразилия)
2013 Атлетико Минейро (Бразилия)
2014 Сан-Лоренсо (Аргентина)
2015 Ривер Плейт (Аргентина)
2016 Атлетико Насьональ (Колумбия)
2017 Гремио (Бразилия)
В 2018 в финале Кубка Либертадорес впервые встретились непримиримые соперники аргентинского чемпионата - Бока Хуниорс и Ривер Плейт.