Когда в Баку стало ясно, что армия потерпела в Карабахе сокрушительное поражение, Эльчибей пригласил в Баку Алиева. В ходе тайных переговоров Гейдар Алиев оговорил условия передачи власти и гарантии безопасности действующему президенту, если война в Карабахе примет еще более плачевный поворот.
В дальнейшем события развивались по самому худшему для Азербайджана сценарию. Весной 1993 г. армяне полностью очистили Лачинский район и Карабах от азербайджанцев, после чего начали наступать на Агдам – главную стратегическую базу Баку для действий против НКР. Перед лицом полного военного поражения 4 июня в Гяндже восстала 709-я бригада азербайджанской армии, которая под командованием полковника С. Гусейнова в сопровождении чеченцев Ш. Басаева двинулась на Баку. Организованный не без помощи Москвы мятеж грозил покончить с господством нахичеванцев в стране. Не встречая сопротивления колонны Гусейнова стремительно приближались к столице. Стремясь сохранить власть за своим племенным союзом, 8 июня Эльчибей вызвал в Баку Алиева. Спустя несколько дней Гейдар Алиев стал председателем парламента страны, а 18 июня Эльчибей сложил с себя полномочия президента и удалился в родной горный аул в Нахичевань.
Гусейнов мог тягаться с Эльчибеем, но против Алиева гянджийский союз был бессилен. В итоге Сурет Гусейнов занял пост премьер-министра. В октябре 1993 г. Гейдар Алиев был избран президентом Азербайджана. Старая элита вернулся к власти, и круг замкнулся.