Согласно распространенным легендам, под собором проложены каналы и тоннели, назначение которых неизвестно. Вероятно, как и любое сооружение древности, архитекторы предусматривали запасные пути и места укрытий на случай стихийных бедствий, мятежей, которых в то неспокойное время было не мало.
Айя София наполнена сакральным смыслом построения храма, различными знаками артефактами, руническими надписями, символами, как правило, окружающими во все времена места традиционной коронации императоров и правителей.
Здесь находится знаменитая, так называемая "Плачущая колонна". Существует поверье, согласно которому просящий об исполнении желания должен очертить круг с просунутым в отверстие пальцем, ощутить чудодейственную влагу и загадать желание, которое (если оно угодно Богу) непременно сбудется.
Раньше колонна носила имя Святого Григория Чудотворца, который однажды явился здесь народу и явил миру чудеса.
Особой энергетикой обладает мозаика в южной части храма - Деисус.
Мозаика, изображающая Христа в образе Спасителя, в левой части которой - Богоматерь, в правой - Иоанн Креститель.
Мозаика производит неизгладимое впечатление. Взгляд Спасителя неотрывно проникающий куда -то в глубину сердца, словно сопровождает, благословляет, прощает всякого, кто просит о прощении, слышит молитвы каждого, кто устремит на его лик свой взгляд.
Отбросив, всю мистику, можно с уверенностью сказать, что этот некогда величайший храм, а теперь музей, является местом силы, сконцентрировавшее в себе энергию силы, духа, величия, веры в доброту земного мира.