Действие второй части игры происходит в 2511 году, спустя три года после окончания сюжета первой части, на плотно населённой космической станции-мегаполисе «The Sprawl» Скопление, расположенной на осколках Титана. На этой станции в местном психиатрическом госпитале содержится бывший инженер C.E.C. Айзек Кларк (после того, как его в бессознательном состоянии обнаружили в дрейфующем челноке, на котором он сбежал с Эгиды-7). Все три года его жизнь искусственно поддерживали, так как в сознание он так...
В магазине игрушек в начале третей главы есть коробка с игрушечным штурмовиком. Так же на витрине этого магазина будут появляться деньги, если с нее подбирать коробки с игрушками. Если ударить или выстрелить в Стросса после его смерти, то из него выпадет аудиозапись с извинениями перед женой и сыном. В левой стороне комнаты, где нужно отключить систему ANTI, можно поставить блоки так, чтобы они загорелись фиолетовым цветом. После этого вентиляционную трубу можно будет передвинуть в секретное помещение, в котором находится фигурка «Peng»...