Иоанн родился в городе Углич в 1657 году, в семье купца. Уже к 5 годам, отличаясь от сверстников умом и смышленостью, он был отдан на обучение в Иерусалимскую слободу христианину по имени Василий. 11 июня 1663 года в четверг на седьмой неделе по Пасхе, по традиции устраивался крестный ход из городских церквей на «убогий дом» — место для погребения городских жителей, не приписанных к приходам, а также для неопознанных бродяг и «всевозможных татей». Родители, как всегда, ждали Иоанна из школы, а он все не возвращался… Тогда они решили отправить за ним учеников из его же класса. Но и они, увы, пришли...