Существует легенда, что здесь когда-то хоронили странствующих скоморохов. Но это всего лишь вымысел, не подтверждённый фактами. Своё название кладбище получило от села Ваганьково, которое упоминается ещё с 1446 года. В разные времена здесь находились княжеские и царские владения, а также жили служилые люди. Происхождение самого названия объясняют тремя разными версиями. «Ваганить» — забавлять, шутить. Согласно словарю Даля, в вологодском говоре «ваганить» - «баловаться, забавлять». В XV–XVI веках на Ваганьковском холме стоял Потешный государев двор, где жили придворные скоморохи, шуты, музыканты и псари. Сюда приезжали развлечься, посмотреть на медвежью потеху и послушать гусляров. Именно этот реальный исторический факт и породил путаницу. «Вага» — большие весы. Существовал денежный налог за взвешивание привозимого на продажу товара. Место, где стояли весы, называлось ваганец. Если что, то тут проходила дорога в западные земли. Имя Ваган. Название села происходит от имени Вага́нка