После поражения в битве при Рафии Антиох предложил мир, который Птолемей охотно принял. По условиям мира Антиох потерял все приобретения в Сирии, кроме Селевкии Пиерии.
После победы Птолемей без боя захватил Рафию и другие города Келесирии. Победа при Рафии вновь утвердила власть Птолемеев в их азиатских владениях, но имела неожиданные последствия для политических событий внутри самого Египта.
В октябре 217 года до н. э. Птолемей IV с победой вернулся в Египет. Вскоре по возвращении он женился на своей сестре Арсиное, переняв, как и его дед, этот обычай фараонов. С этого времени начал отправляться культ Птолемея и Арсинои, которым поклонялись под именем Богов Филопаторов.
Неизвестно, почему Птолемей IV принял прозвище Филопатор («Любящий отца»). Возможно, Птолемей III Эвергет был особенно популярен в Египте, и правящий царь и царица видимо стремились увеличить свою популярность, связав себя в народном сознании с покойным великим царём.
Согласно Рафийскому декрету, на который ссылается Полибий, сразу после битвы Птолемей вторгся во владения Селевкидов, но из-за некоей «измены, которую замыслили командующие отрядами» (видимо, речь о восстании воинов-египтян против власти Птолемеев) наступательную кампанию пришлось срочно свернуть...
Египтяне, обученные биться в строю фаланги и сыгравшие решающую роль в битве при Рафии, подняли мятеж против иноземных правителей Египта, которыми они считали царей или фараонов из династии Птолемеев.
Этот и последующие мятежи туземных войск, так называемых "махимой", вспыхнувшие по всей стране, привели к целой череде восстаний простых египтян ("лаой"), населявших сельские территории, против греко-македонцев или "эллинов".
"Вслед за описанными выше событиями у Птолемея началась война с египтянами. Дело в том, что, вооружив египтян для войны с Антиохом, царь прекрасно распорядился относительно настоящего, но ошибся в будущем. Египтяне возгордились победою при Рафии и вовсе не желали повиноваться властям. Почитая себя достаточно сильными для борьбы, они искали только годного в вожди человека и немного времени спустя нашли такового."
- Полибий. Всеобщая история. Книга V, 107
Подробности восстаний неизвестны, но они, по видимому, носили характер нерегулярных военных действий, вспыхивавших то тут, то там. Полибий отмечает, что внутренняя война велась с чрезвычайной жестокостью с обеих сторон, но не было регулярных сражений или осад.
И борьба коренных египтян представляла собой череду мелких стычек местного значения между отрядами повстанцев и правительственных сил, то есть, партизанскую войну. Вероятно, что восстание в первую очередь охватило местности в Нижнем Египте.
В старину именно заросли тростников в Дельте давали приют египетским воинам, восставшим тогда против персов, а теперь - против греко-македонцев. Восстание затронуло и Верхний Египет, вынудив прекратить строительные работы по возведению нового грандиозного храма в Эдфу,
Птолемей IV Филопатор, и до этих событий почти не вмешивавшийся в управление страной, теперь уже, полностью отдал бразды правления своим многочисленным фаворитам, среди которых в первое время выделялся александриец Сосибий, и предался праздности и всевозможным порокам.
В окружении царе вскоре появились новые фавориты и фаворитки. Афиней пишет: Царя Птолемея Филопатора держала в своих руках гетера Агафоклея, переворотившая всё его царство». Он также упоминает о гомосексуальной связи Птолемея с братом упомянутой Агафоклеи, - красавцем Агафоклом...
Когда такого рода личности заняли положение царских фаворитов, престиж Египта в Средиземноморье быстро и заметно упал. Однако египетские гарнизоны в течение всего царствования Птолемея IV продолжали удерживать отдельные районы на побережье и островах Эгейского моря.
Царские чиновники продолжали взимать дань с приморских территорий Эгейского и отчасти Средиземного морей: Ликии, Карии, Фракии, с крупного порта Эфес, островов Фера, Самос и Лесбос. Даже в Селевкии в устье Оронта египетский гарнизон находился ещё весной 219 года до н. э.
Сведения о внутриполитическом кризисе и разрухе в стране и также о личной слабости правителя Египта немедленно стали известны его агрессивным соседям и прежде всего державе Селевкидов и царству Македония, включившихся в борьбу за влияние в Восточном Средиземноморье.
Экономический упадок и разорение в ходе восстаний привели к пассивности правительства Птолемея IV в области внешней политики и, в результате, к потере богатой и стратегически важной Келесирии, которая через пятнадцать лет была вновь захвачена Селевкидами.
Александриец Сосибий и фаворит Агафокл, фактически начав управлять страной ещё при Птолемее IV, захватили власть при малолетнем Птолемее V Эпифане, убив его мать, и разогнав всех выдающихся людей, которые представляли для них угрозу.
Стратег Тлеполем отнял право регентства, но правителем был плохим. Видя слабость Египта, Антиох III, царь государства Селевкидов и Филипп V, царь Македонии, совместно напали и смогли захватить острова в Эгейском море, Карию, Южную Сирию, Палестину и столь важную для контроля торговых путей в Передней Азии Келесирию.