Наемными убийцами были ниндзя , а самураи — профессиональными воинами. Их нанимали для охраны дворца, на службу в личную гвардию, для решения земельных конфликтов, усмирения восстаний и защиты внешних границ. Воинов (в том числе женщин-воительниц) обычно называли буси или цувамоно — «человек с оружием». Самураями их стали называть в период Хэйан (794–1185). Само слово «самурай» означало «человека на службе» — чиновника ниже шестого (реже пятого) придворного ранга . Поэтому служащие самураи были как среди воинов, так и среди низшей придворной знати. Именно самурай в образе жалкого чиновника, а не храброго воина, желающий только одного — до отвала наесться каши, описан в повести Акутагавы Рюноскэ «Бататовая каша».
Профессия воина изначально не считалась привилегированным занятием, поскольку была связана с убийством живых существ (что осуждалось буддизмом) и загрязнением кровью и смертью (неприемлемо в синто). Это стало одной из причин выделения военных домов букэ в отдельное сословие. В конце XII века военный дом Минамото захватил власть и установил сёгунат — гражданская и военная власть стали принадлежать сёгуну (военному правителю, который для легитимации своей власти получал от императора должность «великого полководца, покорителя варваров» сэйи тайсёгун) и его ближайшим советникам. Эта форма правления просуществовала почти семь столетий.
В период Эдо (1603–1867), когда были выделены четыре сословия — воины, крестьяне, ремесленники и купцы, — слово «самурай» стало означать исключительно представителя привилегированного военно-служилого сословия. Тогда же вести о самураях широко разнеслись за пределами Японии. В первом японо-португальском словаре, составленном иезуитским миссионером из Нагасаки в 1603 году, слово «буси» переводится как «солдат» (soldado), а «самурай» — «дворянин, уважаемый человек» (fidalgo, homem honrado) .
Первыми профессиональными воинами часто становились охотники, умевшие обращаться с оружием. Возможно, поэтому самым распространенным оружием до периода Эдо были лук и стрелы. Когда в период Камакура (1185–1333) пришли к власти дома, специализировавшиеся на военном деле, между самураями и простолюдинами была проведена четкая грань. В отличие от последних самураи имели фамилию и низший придворный ранг. Однако постепенно эта грань размывалась. Известны случаи, когда в провинциях слуги самураев — выходцы из крестьян — сами становились самураями благодаря усердной службе.
В период «воюющих провинций» (1467–1590), когда владетельные князья сэнгоку даймё сражались друг с другом, в самураи стали брать не только профессиональных воинов, но и крестьян. Именно они пополняли ряды пехотинцев-копейщиков асигару. Выходцев из крестьян называли «новые самураи» (син-дзамураи) или «земельные самураи» (дзи-дзамураи).
Вербовкой простых крестьян в солдаты занимался знаменитый полководец Ода Нобунага — один из трех объединителей Японии . Его преемник Тоётоми Хидэёси был низкого происхождения, но благодаря военным заслугам и амбициям он возвысился до поста «великого министра» (дайдзё дайдзин) и получил фамилию Тоётоми. Придя к власти, бывший простолюдин Хидэёси приказал изъять мечи у крестьян, а самураям запретил заниматься земледелием. Низкоранговые самураи в свободное от войн время занимались обработкой земли, чтобы прокормить себя, однако теперь им пришлось выбирать — быть крестьянином или самураем, материально зависимым от ратного дела и своего сюзерена.
В период Эдо, когда воины стали привилегированным сословием, возможность войти в их круг по-прежнему была — например, можно было стать приемным сыном самурая за деньги или выкупить родословную разорившегося самурая. Кроме того, родословную можно было украсть. Так, например, сделал герой эпической кинодрамы «Семь самураев» (1954) режиссера Акиры Куросавы. Сын крестьянина Кикутиё, желая присоединиться к самураям, показывает свою родословную, но его поднимают на смех: согласно бумагам, Кикутиё всего 13 лет. В конце концов самураи (на самом деле бродячие самураи без хозяина, то есть ронины) принимают Кикутиё в отряд, но на флаге обозначают его треугольником, а себя — законнорожденных самураев — кружками.