Аксененко – крайне талантливый управленец, и такое мнение было у многих. Даже с учётом того, что он шагнул на самый верх карьеры – путь был тяжелым и трудным.
С его стороны впервые прозвучало предложение о соединении острова Сахалина с территорией материка посредством мостового перехода или железнодорожного тоннеля.
Общая стоимость проекта – порядка двадцати млрд. долларов. Планы МПС предполагали даже продолжить железнодорожное сообщение вплоть до Японских территорий.
А самый народный проект, созданный им – это ФК «Локомотив». Средняя команда превратилась в лидера среди российских футбольных команд, и ими был получен один из самых современных стадионов тех времён.
Однако, в один момент, когда Ельцин оказался в отставке – с Аксененко начали происходить самые странные события. Стоило Ельцину уйти – как спустя десять дней он уже занимал должность министра, но вице-премьером он уже не был.
Всё было «как по методичке» - изначально ему было предложено реформирование сферы – иными словами, разрушение фундамента, на котором стояла собственная власть.
Им был предложен свой вариант. Потому власть обзавелась формальным поводом об увольнении – поручение не было выполнено.
Затем его вызвала сама Генпрокуратура, и он получил обвинения в том, что превысил должностные полномочия и нецелевым образом использовал прибыль с железнодорожной отрасли.
И повестка в Генеральную прокуратуру была доставлена прямо на дом. От уголовного дела его проблемы со здоровьем только начали набирать обороты. И как он был отставлен – положение дел только ухудшалось.
Основанием уголовного дела послужила проверка, организованная Счетной палатой, которую на тот момент возглавлял Сергей Степашин.
В конце октября представителями Генеральной прокуратуры было сообщено, что противоправные действия обвиняемого нанесли стране урон в размере, превышающем одиннадцать млрд. рублей.
По прошествии трёх месяцев премьер-министром Касьяновым было выдвинуто предложение об отставке Аксененко.
Президентом данное распоряжение было подписано, а со стороны Аксененко было выдвинуто собственноручно написанное заявление о том, что он уходит со своей должности,
мотивируя это таким образом, что ввиду его отставки отрасль будет работать «более благоприятным образом».
Не стало его в июле 2005-ого, в Германии. Его сразила лейкемия. В течение двух лет, пока он лечился – были проведены самые разные операции, 2 раза была произведена пересадка внутренних органов и костного мозга.
Многие, хорошо знающие его люди, заявляют, что причиной тяжелых онкологических заболеваний являлось то, что происходило с ним в течение последних лет,
от чего произошло значительное снижение общего иммунитета и соответственно ухудшение здоровья.