С началом Великой Отечественной войны северная окраина Ленинграда становится прифронтовой полосой. По воспоминанию Г. Ефремова, многие деревянные дома были разобраны для строительства оборонительных сооружений и на дрова. «Сразу же за Старой Деревней проходила граница внутренней обороны города. Там находились контрольно-пропускной пункт со шлагбаумом и дзотом, контролировавший движение по шоссе и Приморской железной дороге. Поезда тогда ходили только до поселка Лисий Нос, который служил перевалочным пунктом на пути из Ленинграда в Кронштадт и на «Малую землю» у Ораниенбаума».
В 1942 году — после начала блокады Ленинграда — у буддийского храма появились новые хозяева — военные. Командование Ленфронта решило построить на территории бывшей храмовой усадьбы мощную длинноволновую радиостанцию для связи осажденного города с Большой землей. Она же должна была служить и станцией наведения для советских самолетов.
В результате в здании храма разместили радиопередающую станцию (передатчик длинных и средних волн в диапазоне 200–2000 м), источник его питания, основную часть силового оборудования и другую аппаратуру. В качестве антенны использовался металлический трос, один конец которого цепляли за грузовик во дворе храма, а второй поднимали в воздух на аэростате.
Технический проект уникальной аэростатной антенны — «антенны без мачт» — был разработан группой ленинградских инженеров во главе с В.А. Хацкелевичем. Скрытая в стенах буддийской обители радиостанция, разумеется, являлась совершенно секретной и именовалась в документах как «объект 146».
По-видимому, именно после передачи храма военным из плиточного пола в главном зале молебствий была выдолблена «крамольная» свастика. Имеются также сведения о том, что в годы войны в подвалах здания делались ручные гранаты.
Аэростатная антенна проработала всю войну, вплоть до 1952 года, когда ее заменили сравнительно простой длинноволновой антенной, подвешенной на двух 75-метровых мачтах.
С этой новой антенной радиостанция проработала еще несколько лет, а затем в 1957 году она была закрыта и полностью демонтирована. (Рассказывают, что в годы «холодной войны» станция использовалась в качестве «глушилки» западных «голосов».)
Почти сразу же после окончания войны встал вопрос о более целесообразном использовании здания буддийского храма.
В 1947 году академики-востоковеды С.А. Козин, И.И. Мещанинов и В.В. Струве энергично ходатайствовали в высоких инстанциях (в Совете по делам религиозных культов при Совмине и в президиуме Академии наук СССР) о его передаче ленинградскому филиалу Института востоковедения. Идея ученых состояла в том, чтобы организовать в стенах храма Музей истории религии и быта монголов, для чего предполагалось разместить в нем ряд ценных коллекций из других музеев города. В том числе такой уникальный экспонат, как гигантскую (почти 15-метровую!) статую Майдари — Будды Майтреи — из Агинского дацана, хранившуюся в разобранном виде в Музее истории религии и атеизма в Казанском соборе. (Эту статую еще до войны хотели установить внутри собора, напротив статуи Ленина!).
Кроме музейных коллекций, в храме также намеревались сосредоточить богатейшее собрание тибетских рукописей и ксилографов, вывезенных в 1938–1940 годах из дацанов Бурят-Монгольской АССР и Читинской области и переданных институту, что позволило бы ученым вести здесь научно-исследовательскую работу.
Инициатива ведущих востоковедов, хотя и поддержанная рядом научных учреждений, таких как Бурят-Монгольский НИИ культуры и экономики, Государственный университет им. Чойбалсана в Улан-Баторе и Комитет науки МНР, не была одобрена руководством АН, которое устами академика А.И. Волгина вынесло следующую резолюцию:
«Считать нецелесообразным организацию нового музея по истории религии».
14 июня 1962 года президиум Академии наук решил передать здание бывшего буддийского храма в пользование Зоологического института для размещения в нем Музея функциональной морфологии и нескольких институтских лабораторий. В результате Зоологический институт в том же году разместил в стенах храма многочисленное и довольно громоздкое оборудование трех своих лабораторий.
Как бы ни относиться к такому решению сегодня, надо признать, что передача здания храма академическому институту в целом способствовала его сохранности, так как если бы оно оставалось пустым или было превращено в склад или фабричный цех (как соседняя с ним Благовещенская церковь), то пострадало бы несравненно в большей степени. Хотя, с другой стороны, нахождение зоолабораторий в храме-монастыре не могло не оскорблять чувств верующих.
Достаточно сказать, что в конце 1960-х годов в подвальных помещениях храма — там, где некогда монахи готовили себе еду — зоологи препарировали труп африканского слона, привезенного из Рижского зоопарка.
— А.И. Андреев. Из книги "Буддийский Храм в Санкт-Петербурге".