Отличия в самой сути цели организаций, но проблема в том что многие просто не понимают в чём и пытаются «в чужой монастырь со своим уставом». + Стоит учитывать что у нас свободного рынка не было, так что и организации называющие себя коммерческими часто по факту только «хозрасчётные» (отдельное юридическое лицо), а внутри та же госструктура.
Госорганизация - часть государства. Ну а суть государства не прибыль, т.к. оно замкнуто на само себя, а надёжность (отказоустойчивость).
Как следствие для госструктур характерно дикий «запас прочности» который возникает от неоднократного дублирования, регламентов (человек - винтик в системе) и как следствие инерции и бюрократизации (анализ и сбор данных в условиях неопределёноости (туман войны), фрагментированности информации, отсутствия отклика/пинга)..
Всё для того чтоб функционировать в экстремальных условиях. Каноном тут будет армия.
Коммерческие организации - это бизнес, суть которого выгода/прибыль и прочая эффективность.
Но чтоб быть на пике КПД «комерс» должен избавиться от избыточности во всём что мешает скорости реагирования (залог приспособляемости).