Сама по себе структура исламского образования в России имеет несколько ступеней: воскресные школы при мечетях, сеть медресе и несколько исламских ВУЗов. Воскресные школы как понятно из названия работают преимущественно с детьми и, на первый взгляд, мало влияют на формирования религиозного чувства и человека в целом. Медресе- учреждения среднего звена широко распространенные по исконно исламским регионам страны. И исламские ВУЗы самые известные из которых: Российский исламский институт и Московский Исламский Университет.
Необходимо несколько углубиться в историю. После развала СССР и контроля со стороны государства религиозные организации оказались в сложном положении. Если Русская Православная Церковь имела центры подготовки священнослужителей в центральном, европейском регионе, то исламское образование базировалось, в основном, в Бухаре, медресе «Мир-Араб», и в Ташкентском Исламском институте имени имама Аль-Бухари. Но после развала страны и общей образовательной системы, и отделения Узбекистана выпали из образовательной структуры.
В связи религиозные деятели России столкнулись с катастрофической проблемой кадрового голода. Одновременно с этим вспыхнули конфликты на периферии бывшего СССР в основном в мусульманских регионах и куда немедленно устремились эмиссары ваххабитских исламистских сект. Их целью в первую очередь были имамы и муфтии еще старой советской закалки, получившие образование внутри СССР и исповедовавшие крайне мягкий вариант ислама- татарский. Конечно, не все, но в подавляющем количестве было так. И именно они стали целью для атак исламистов. За несколько лет были выбиты-физически устранены или под давлением исламистов на их сторону перешли многие имамы. В отдельных государствах в том же Узбекистане, Казахстане, где руководство понимало проблему, распространения исламистских воззрений в среде духовенства, было взято под плотный, жёсткий контроль. Несмотря на это исламисты пустили корни, что привело, к примеру, к беспорядкам в Андижане. Тогда дошло до городских боев с применением тяжелой военной техники.
В Российской Федерации до начала «нулевых» никто вообще не занимался проблематикой исламского образования на государственном уровне. За это время была выбита или перешла на сторону исламистов значительная часть умеренного российского исламского духовенства. Особенно активно шла охота за представителями суфийских школ. Конечно, нельзя не признать, что в «святые» 90-е бардак творился во всех сферах жизни не только в духовной. Однако, стоит обратить внимание, что когда на ближневосточное отделение в «силовых» ведомствах ставится человек без знания региональной специфики все становится совсем грустно. И нельзя сказать, что руководитель-то дурак и глупец, совсем нет. Но есть особенности, как и везде. Как пример можно сказать, что после активного отстрела мусульманского духовенства салафитскими боевиками остро встал вопрос о том, что же будет окормлять верующих?
И тогда поступило «гениальное» предложение направлять молодых перспективных парней из мусульманских республик в крупнейшее исламское образовательное учреждение находящееся в Египте-университет Аль-Азхар. И вроде бы все хорошо и прекрасно, однако сам университет на тот момент был насквозь ваххабитским. Он как Лондонская Школа бизнеса был набит эмиссарами Саудовской Аравии. А кто у нас главный сторонник салафизма в мире? Кто его поддерживает финансово и прочими инструментами? Саудовская Аравия. Более того, именно с салафисткими улемами ибн-Сауд заключил договор, когда начал создавать Саудовскую Аравию.
Таким образом на начало «девяностых» годов Республики Северного Кавказа оказались практически беззащитны перед ваххабитской волной. Волной, которую на государственно уровне поддерживали финансово и организационно такие страны как: Саудовская Аравия, Катар, Пакистан, Турция и некоторые другие страны Ближнего Востока. В «нулевые» годы все стало более-менее успокаиваться, перекрывались финансовые потоки, выбивались эмиссары. Проводилась работа с местными лидерами как по линии государственной, так и по линии духовной.