Его возвращение в Женеву
В 1540 году большинство членов женевского городского совета высказались за возвращение Кельвина. К нему дважды обращались с настоятельным призывом вернуться: в 1540 году и в январе 1541 года. Он должен был вернуться только в сентябре 1541 года, будучи убежденным в том, что останется здесь не более шести месяцев. Он оставался на двадцать три года, до конца своей жизни.
В течение первых шести месяцев он представил три текста, которые структурировали Церковь: Клирические таинства, Катехизис, Использование молитв. Последнее было книжной литургией.
Он ввел пение псалмов - стихи Клемента Маро - во время церковной службы. В следующем году он приветствовал Маро в Женеве.
Женева вспоминает имя Кельвина, но он часто чувствовал себя там плохо. Он считался иностранцем в городе до 1559 года, когда ему был присвоен статус городского жителя.
До 1555 года ему приходилось сталкиваться с враждебностью городских советов, которые часто считали его диктатором. На самом деле, он никогда не был сторонником политической власти, находясь под влиянием Церкви.
Проповедник и писатель
Вернувшись в Женеву, Кельвин возобновил проповедь. Каждое воскресенье он произносил две проповеди, а каждую вторую неделю - ежедневную проповедь из избранной книги Библии. Многочисленные ученики, которых он брал во время проповеди, но до сих пор сохранились только фрагменты.
В отличие от Лютера, Кальвин подозрительно относился к средневековым методам чтения Библии (аллегорическим и типологическим). Он применял к библейским текстам приемы чтения, используемые для светских текстов. Он особенно осуждал путаницу между буквальным и образным значением. Например, когда во время своего последнего ужина Иисус произнес слова
"это плоть Моя, это кровь Моя...", ибо Кальвин хлеб и вино - это образ речи. Они представляют Христа, но не являются Христом. Точно так же и в Библии голубь олицетворяет Святого Духа, но не является Святым Духом.
Еще в 1541 году Кальвин перевел "Институты христианской религии" на французский язык.
Это одна из первых книг систематического богословия, переведенных на французский язык. Переведя эту книгу, Кальвин внес свой вклад в становление французского языка, который продолжал развиваться в то время.
Сочинений Кальвина на французском языке было очень много: библейские комментарии, богословские тексты, письма и т.д. Он был одним из самых плодовитых французских писателей XVI века.
Дело Сервета
Испанец Мишель Сервет за свои антитринитарные трактаты подвергался преследованиям как со стороны Римско-католической церкви, так и со стороны реформаторов. Он считал учение о Святой Троице противоречащим Библии и, следовательно, еретическим.
Мишель Сервет был арестован в Женеве и сожжен после того, как 27 октября 1553 года был судим и осужден за ересь. Его казнь положила начало разногласиям между Кальвином и Себастьяном Кастеллионом, который защищал религиозную терпимость.
Его отношения с Францией
Находясь в изгнании, Кальвин беспокоился о Франции и о тех, кто присоединился к Реформации. Опасаясь преследований, последние тайно жили своей верой, посещая римско-католические церковные церемонии. Кальвин обличал это как лицемерие и призывал своих сограждан бежать в страны, которые приняли идеи Реформации (Извинения Никоменидов, 1544 г.). Они перебрались в Женеву, население которой удвоилось в период с 1545 по 1560 год. Они принесли Кальвину ценную поддержку.
С 1555 года во Франции был открыт ряд реформаторских церквей. С тех пор Кальвин призвал французских протестантов остаться в своей стране. Он ободрял их своими советами и посылал им пасторов, прошедших обучение в Женевской академии.
Для первого синода в Париже в 1559 году он послал им проект исповеди веры и предложение о церковной дисциплине. Позднее он направил им многочисленные пасторские письма.
Его последние годы
Создание Академии в 1559 году способствовало укреплению репутации Женевы. В богословском учении особое внимание уделялось изучению и толкованию Священного Писания.
Женевскую академию возглавлял француз Теодор де Без, и, благодаря качеству своих преподавателей, она стала очень влиятельной.
С 1555 года авторитет Кальвина в Женеве остался неоспоримым. Женевская модель распространилась по всей Европе. В 1559 году Кальвин разработал окончательный вариант "Институтов христианской религии", который состоял из четырех книг и восьмидесяти глав. Он написал множество трактатов (против анабаптистов, против разнузданности, астрологии, реликвий и т.д.). Он читал публичные лекции в недавно основанной Женевской академии и организовал постоянный комментарий к книгам Библии.
Его здоровье было плохим, и такая тяжелая и напряженная работа изнуряла его. Он умер 27 мая 1564 года в возрасте пятидесяти пяти лет. Теодор де Без продолжал его работу.