В случае установления налоговым органом в ходе проведения мероприятий налогового контроля в отношении конкретного налогоплательщика схемных операций, последний приглашается на комиссию по легализации налоговой базы, с целью побуждения налогоплательщика к добровольному уточнению своих налоговых обязательств. Если налогоплательщик не уточнил свои налоговые обязательства, то в обязательном порядке назначается выездная налоговая проверка. В ходе проверки проводятся контрольные мероприятия, которые являются дополнительной нагрузкой для налогоплательщика (представление в налоговый орган запрашиваемых документов, проведение осмотра территорий, помещений, документов, предметов, проведение допросов, выемки документов и предметов).
Так, за 2019 год на комиссии по легализации налоговой базы было приглашено 34 налогоплательщика, 14 налогоплательщиков добровольно уточнили свои налоговые обязательства, в отношении 20 организаций в настоящее время проводятся выездные налоговые проверки. Во избежание назначения выездных налоговых проверок налоговый орган предлагает налогоплательщикам отказаться от применения схемных операций.