Ходорковский обсудил этот вопрос с советником президента США по национальной безопасности.
Ходорковский сделал доклад о коррупции , что вызвало недовольство Путина: после обсуждении доклада и пришёл конец компании ЮКОС.
Ходорковский рассказал, что компания «Северная нефть», которая интересовала ранее его самого, была продана компании «Роснефть» по завышенной цене. В ответ Путин предъявил Ходорковскому претензии на попытку ухода ЮКОСа от налогообложения. В отношении ряда сотрудников ЮКОСа было возбуждено уголовное дело и на самого Ходорковского.
Публичные претензии Ходорковского в том, что небольшая компания «Северная нефть» была продана с нарушениями, Путин воспринял как конфликт с федеральной властью. И Путину, и Ходорковскому было хорошо известно, что все крупные бизнесмена России 1990-х , не приобрели свою собственность, а фактически получили её в дар от государства в обмен на поддержку Ельцина.
Ходорковский полагал, что сделка по покупке «Роснефтью» компании «Северная нефть» , Путину была выгодна и происходила под его личным контролем ,а доходы от неё были направлены на президентскую избирательную кампанию.
После конфликта с Путиным, Ходорковский предложил «закон о компенсационных выплатах» в пользу Пенсионного фонда РФ, исходя из нечестной приватизации 90-х. Ведь владельцы ключевых предприятий России, которые они получили в ходе залоговых аукционов почти даром. На это Путин ответил, что ещё не время.
Ходорковский подготовил доклад, в котором изложил Ползучий олигархический переворот в стране. Переворот ограничит власть президента Путина. И превратит страну в президентско- парламентскую республику. Главным идеологом и представителем на пост председатели и был Ходорковский. Он не отрицал , что он имел виды возглавить правительство России .
На стол президента Путина поступили распечатки телефонных разговоров Ходорковского. В которых он нелестно отзывался о Путине. Так же были данные о телефонном разговоре Ходорковского с советником президента США по национальной безопасности , в ходе которого Ходорковский дал понять, что Россия, если он станет главой правительства, может отказаться от своего ядерного оружия.
Не понравилось Путину и то, что Ходорковский вступил в КПРФ, что нарушало договорённости между Путиным и Ходорковским.
Ходорковский сказал , что перед своим арестом вёл переговоры с представителями разных фракций госдумы о возможности после ухода Путина с должности президента в 2008 году занять пост главы правительства и провести конституционные реформы, которые бы урезали президентские полномочия.