На русских воинственные индейцы производили впечатление «народа убийственного и злого», «кровожаждущих варваров», а в боевой одежде так и вовсе «страшнее самых адских чертей». Тлинкиты с детства учились воевать и убивать умели лучше многих своих соседей.
Мальчиков они воспитывали свирепыми мужчинами, закаливая их купаниями в холодной воде и бичеваниями. Кроме того, тлинкиты (русские еще называли их колошами) были сметливыми торговцами, хорошими плотниками и любителями накапливать богатства.
У тлинкитов было неплохое вооружение, и они научились использовать огнестрельное оружие. Было и защитное вооружение: крепкие индейские доспехи из ольхи могли останавливать даже ружейные пули. На их стороне было огромное численное превосходство и знание своих земель. Слабым местом индейцев были междоусобицы и неумение вести долгую войну против столь же храброго и упорного противника. Но в 1802 году они сами развязали войну. Было из-за чего.
В погоне за пушниной русские первопроходцы двигались по побережью Северной Америки. Учрежденная в 1799 г. Российско-Американская компания добралась до островов архипелага Александра на юго-востоке Аляски, где морского зверя было огромное количество. Около 10 тысяч тлинкитов встречали непрошеных гостей враждебно. Главный правитель Русской Америки и глава компании Александр Андреевич Баранов все равно решил основать здесь фактории. С вождем Скаутлельтом удалось тогда договориться о покупке земли. Начался активный помысел пушного зверя.
Европейцев индейцы уже знали, им доводилось торговать с американцами и англичанами. Тлинкиты меняли шкуры на европейские ткани, оружие и спиртное. И от русских они ожидали примерно того же. Но русским самим европейских товаров не хватало. Они не хотели покупать шкуры, а с помощью сотен алеутов и других союзных туземцев сами их добывали и продавали в Россию, Китай и другие страны.
В общем, русские истребляли кормовую базу тлинкитов, а взамен ничего не давали. Русских к 1802 г. в Аляске было всего около 350−400 человек, так что мир с тысячами тлинкитов был совершенно необходим для работы Российско-Американской компании. Но сохранить его не получилось.
Каков был повод для войны, что стало «последней каплей», до конца не понятно: то ли служившие русским алеуты убили в 1801 г. одного из тлинкитских вождей и наказали кандалами какого-то индейца за кражу шкур, то ли в тюрьму заключили какого-то важного шамана. В то же самое время закончилась война кланов киксади и дешитанов. Теперь они смогли заняться русскими. Зимой 1802 г. совет тлинкитских вождей принял решение начать войну. Противником боевых действий был лишь договорившийся лично с Барановым вождь Скаутлельт. Но он подчинился решению совета и возглавил воинов вместе со своим племянником Катлианом. Индейцы хорошо спланировали войну и решили ждать начала промысла: когда русские выйдут из крепостей, их будет проще уничтожить.
16 июня 1802 г. тлинкиты атаковали Михайловскую крепость, в которой оставалось 26 русских, 6 американских матросов на русской службе и около 70−80 алеутов, женщин и детей. Более полутора тысяч тлинкитов во главе с Катлианом вошли в крепость, окружили казарму и открыли огонь. Всех защищавшихся перебили. На следующий день тлинкиты поймали и уничтожили небольшую партию Василия Кочесова, возвращавшуюся с промысла сивучей. Кочесова и Еглевского тлинкиты замучили до смерти ужасающими пытками: отрезали носы, уши и другие части тела, «набивали ими рот». Партию Ивана Урбанова, покинувшую Михайловскую крепость, тлинкиты наши спустя несколько дней и атаковали, когда те были на ночлеге. Выжило лишь несколько человек, в том числе убежать удалось самому Урбанову.
Только спустя два года Баранов собрал силы в крепости Якутат. 120 промышленников и около 900 вооруженных ими туземцев на 4 кораблях кампании и байдарках двинулись на о. Ситка. По пути русские сожгли два поселения индейцев, жители которых участвовали в уничтожении партии Урбанова. В сентябре все силы русских собрались в Ситкинском заливе. Туда же подошел неплохо вооруженный шлюп «Нева». Так как после долгих переговоров стало понятно, что тлинкиты мира на русских условиях не хотят (возобновление договора), то Баранов и Лисянский подготовили штурм устроенной индейцами на Ситке крепости с гарнизоном из сотни воинов.
Крепость «Молодого деревца» (Шисги-Нуву) защищалась Катлианом. 1 октября 1804 г. русские пошли на штурм, и стороны долго обстреливали друг друга. К вечеру русским и алеутам пришлось отступить, был ранен в руку Баранов. Погибло 6 русских и 3 союзных индейца, еще 9 русских было ранено. Но тлинкиты понимали, что долго им не удержаться, врагов было слишком много. В битве за крепость около 30 из них погибли. Ночью 7 октября они тайком ушли на другой берег острова. Крепость русские сожгли.
Перемирие здесь было заключено на следующий день, 8 октября 1804 г. Русские тут же начали строительство нового города на месте сожженой крепости — Ново-Архангельска, который до момента продажи Аляски американцам в 1867 г. был столицей Русской Америки.
Еще один удар индейцы нанесли 20 августа 1805 г., напав на Якутат и уничтожив крепость. Погибло 14 русских и множество алеутов. Только осенью удалось наконец договориться более или менее окончательно. Тлинкиты обязались больше не нападать, а Катлиан признал свою вину и обещал компенсировать ее в дальнейшем «верностью и дружеством».
Так как за время войны было уничтожено 2 русские крепости и погибло около 45 русских и более 230 туземцев, для Российско-Американской компании она стала большим испытанием, оправляться от которого пришлось несколько лет.
Заключенные соглашения многие индейцы восприняли лишь как перемирие. Они выслеживали промышленников, но не нападали на них, а распугивали каланов. Это заставляло уходить компанию все дальше на юг в поисках новых источников дохода. Стычки с индейцами случались и позже, особенно в 1850-е гг. Эти нестабильные отношения стали одной из проблем освоения Аляски, из-за которых полуостров был продан в 1867 году.