Главное отличие в том, что апартаменты — нежилой фонд (например, как магазин или офисное помещение).
Прописаться в апартаментах нельзя. Можно получить только временную регистрацию на пять лет с последующим продлением. При этом пользоваться школами, поликлиниками и детскими садами можно. А государство может отслеживать перемещения граждан по стране.
Кстати, апартаменты пользуются популярностью за границей, где нет понятия "прописка". Там переделывают бывшие производственные здания под жилые квартиры и комнаты, а называют это "чудо" — лофт.
Тарифы на ЖКХ выше, чем в квартире, так как рассчитываются как для нежилой недвижимости.
Так же с налогом на имущество: для апартаментов налоговые ставки выше.
Так как застройщик не обязан соблюдать нормы, предназначенные для жилых помещений (например, развитие инфраструктуры), то и стоимость апартаментов ниже.