Эль стала играть уже в возрасте трех лет. Свою актерскую карьеру девочка начала с ролей персонажей своей старшей сестры, но в более юном возрасте. Первый фильм с участием Эль Фэннинг «Я - Сэм» вышел в 2001 году. Там маленькая актриса играла вместе со знаменитым актером Шоном Пенном. Эта картина была настолько ошеломляющей, что все участники съемочного процесса стали еще более знаменитыми.
В 2003 году 5-летняя Эль играла в компании знаменитых голливудских актеров и чувствовала себя при этом совершенно комфортно. В фильме «Дверь в полу» маленькая актриса выходила на съемочную площадку в обществе Джеффа Бриджеса и Ким Бейсингер. Последние играли в картине главные роли. Кстати, продюсеры сначала планировали взять на роль героини Эль двух близнецов, однако так впечатлись работой Фэннинг-младшей, что захотели работать только с ней.
Несмотря на свой юный возраст, Эль справлялась со всеми тяготами актерской профессии, и жила такой же напряженной жизнью, как и взрослый актер. В начале 2006 года девочка снялась сразу в двух лента. Сначала был фильм «Девятки», а следом последовала работа вместе с Дензелом Вашингтоном над картиной «Дежа вю».
Стоит отметить, что Эль Фэннинг работает и параллельно учится. Девочка ходит в обычную школу и сидит за партами со своими ровесниками. Вот только иногда занятия приходится проводить и учить прямо на съемочной площадке.
В 2010 году Эль появилась в фильме «Где-то» известного продюсера и сценариста Софии Копполы. Фэннинг в картине играет 11-летнюю дочку главного героя, которого исполняет Стивен Дорфф. Эта картина на 67 Венецианском кинофестивале заслужил главный приз – ему дали «Золотого льва».
В 2011 году Эль Фэннинг получила роль в фильме «Мы купили зоопарк» Джеймса Кэмерона. Здесь девочка играет уже 13-летнюю героиню, которая работает незаконно в кафе зоопарка и живет вместе с женщиной Келли. Последнюю, к слову, играет Скарлетт Йоханссон.
В 2011 году зрители смогли оценить игру актрисы в фантастическом фильме «Супер 8» Стивена Спилберга. У именитого режиссера Эль досталась одна из главных ролей – школьницы по имени Элис Дайнард.
В итоге, Эль Фэннинг, не смотря на свой юный возраст, сыграла столько ролей, сколько не всегда под силу взрослому актеру. У девочки в копилке уже 30 киноролей.