Путь к трону для Годунова был нелегким. В удельном городе Угличе подрастал наследник престола Дмитрий, сын шестой жены Ивана Грозного. 15 мая 1591 г. царевич при невыясненных обстоятельствах погиб. Официальное расследование проводил боярин В. И. Шуйский. Стараясь угодить Годунову, он свел причины случившегося к "небрежению" Нагих, в результате чего Дмитрий случайно заколол себя ножом, играя со сверстниками. Царевич был тяжело болен "падучей" (эпилепсией). Давать такому ребенку нож в руки, в самом деле, было преступно. Не исключено, что к смерти Дмитрия был причастен сам Годунов: ведь достаточно было через мамку царевича разрешить больному ребенку играть с ножом.
6 января 1598 умер царь Федор, а 17 февраля Земский собор избрал на царство его шурина Бориса Годунова. Его поддержали, потому что деятельность временщика высоко оценивалась современниками.
Царствование Бориса ознаменовалось начавшимся сближением России с Западом. Не было прежде на Руси государя, который столь благоволил бы к иностранцам, как Годунов. Он стал приглашать иноземцев на службу, освобождая их от налогов. Новый царь даже хотел выписать из Германии, Англии, Испании, Франции и других стран ученых, чтобы учредить в Москве высшую школу, где бы преподавались разные языки, но этому воспротивилась церковь.
Царствование Бориса начиналось успешно. Однако вскоре разразились поистине страшные события. В 1601 шли долгие дожди, а затем грянули ранние морозы и, по словам современника, "поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в полех". В следующем году неурожай повторился. В стране начался голод, продолжавшийся три года. Цена хлеба увеличилась в 100 раз. Борис запрещал продавать хлеб дороже определенного предела, даже прибегая к преследованиям тех, кто взвинчивал цены, но успеха не добился. Стремясь помочь голодающим, он не жалел средств, широко раздавая беднякам деньги. Но хлеб дорожал, а деньги теряли цену. Борис приказал открыть для голодающих царские амбары. Однако даже их запасов не хватало на всех голодных, тем более, что, узнав о раздаче, люди со всех концов страны потянулись в Москву, бросив те скудные запасы, которые все же имелись у них дома. Около 127 тыс. человек, умерших от голода, было похоронено в Москве, а хоронить успевали не всех. Появились случаи людоедства. Люди начинали думать, что это - кара Божья. Возникало убеждение, что царствование Бориса не благословляется Богом, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой. Следовательно, не может кончиться добром.
В 1601-1602 Годунов пошел даже на временное восстановление Юрьева дня. Правда, он разрешил не выход, а лишь вывоз крестьян. Дворяне таким образом спасали свои имения от окончательного запустения и разорения. Разрешение, данное Годуновым, касалось лишь мелких служилых людей, оно не распространялось на земли членов Боярской думы и духовенства. Но и этот шаг не увеличивал популярности царя. Начинались народные бунты. Самым крупным было восстание под предводительством атамана Хлопка, разразившееся в 1603. В нем участвовали в основном казаки и холопы. Царские войска смогли разбить восставших, но успокоить страну не удалось - было уже поздно.
По стране стали ходить слухи, что настоящий царевич жив. Годунов оценил нависшую над ним угрозу: по сравнению с "прирожденным" государем он - никто. Не случайно хулители называли его - "рабоцарь".
В начале 1604 было перехвачено письмо одного иноземца из Нарвы, в котором объявлялось, что у казаков находится чудом спасшийся Дмитрий, и Московскую землю скоро постигнут большие несчастья. Розыск показал, что самозванец - бежавший в 1602 в Польшу Григорий Отрепьев, происходивший из галицких дворян.
16 октября 1604 Лжедмитрий с горсткой поляков и казаков двинулся на Москву. Даже проклятия московского патриарха не остудили народного воодушевления. В январе 1605 правительственные войска тем не менее разбили самозванца, который вынужден был уйти в Путивль. Но сила самозванца была не в армии, а в вере народа, что он - законный наследник престола. К Дмитрию стали стекаться казаки со всех окраин России.
13 апреля 1605 г. Борис Годунов казался веселым и здоровым, много и с аппетитом ел. Потом поднялся на вышку, с которой нередко обозревал Москву. Вскоре сошел оттуда, сказав, что чувствует дурноту. Позвали лекаря, но царю стало хуже: из ушей и носа пошла кровь. Царь лишился чувств и вскоре умер. Ходили слухи, что Годунов в припадке отчаяния отравился. Похоронили его в Кремлевском Архангельском соборе. Царем стал сын Бориса - Федор, юноша образованный и чрезвычайно умный. Вскоре в Москве произошел мятеж, спровоцированный Лжедмитрием. Царя Федора и его мать убили, оставив в живых лишь дочь Бориса - Ксению. Её ждала безотрадная участь наложницы самозванца. Официально было объявлено, что царь Федор и его мать отравились. Тела их выставили напоказ. Затем из Архангельского собора вынесли гроб Бориса и перезахоронили в Варсонофьевском монастыре близ Лубянки. Там же захоронили и его семью: без отпевания, как самоубийц.