В 1964 году в революционном правительстве Анголы произошел раскол, и Савимби был вынужден покинуть министерское кресло. Но, он не долго оставался не у дел. Через два года Жонас Савимби, верховный вождь народности крупнейшей в Анголе народности овимбунду, живущей на юге страны, организовал Национальный союз на полную независимость Анголы (UNITA) и начал войну против правительства и МПЛА на шести фронтах одновременно. Раскол в рядах ФНЛА вынудил Роберто пойти на союз с Нето.
В декабре 1972 года, после целого ряда безуспешных попыток, ФНЛА и МПЛА договорились о создании общего командования войсками - Верховного совета освобождения Анголы с Хольденом Роберто во главе. Агостиньо Нето стал вице-президентом совета. Тем временем, в ходе войны все четче вырисовывался перелом, и колонизаторы медленно теряли одну провинцию за другой. В марте 1972 года португальская армия провела крупномасштабную операцию «Аттила» против войск МПЛА на востоке страны. Однако, не прошло и полугода, как повстанцы полностью очистили это район от колонизаторов. Но, о полной победе повстанцев не могло быть и речи.
Весь 1973 год длились бои местного значения, в которых обе стороны несли большие потери. Потери португальцев составляли 1 к 5 . Эта цифра находила командование в Лиссабоне на неутешительные выводы: по оценкам американских специалистов, армия может добиться успеха в войне с партизанами только, когда ее потери соотносятся с потерями в рядах противника минимум как 1 к 8. В апреле 1974 года в Португалии произошла «революция гвоздик». Диктатор Марцелло Каэтано был смещен, а власть перешла в руки генерала Антонио Спиносы. Генерал согласился вывести войска из Анголы - бремя войны непосильной ношей лежало на плечах и без того больной португальской экономики.
Однако, Спиноса не хотел торопиться, и через несколько месяцев был смешен генералом Франциско де Коста Гомес, которые был сторонником скорейшего разрешения ангольского конфликта. Но, перед Гомесом встала серьезная проблема - кому передать власть в Луанде? Лиссабон понимали, что соперничество между различными ветвями освободительного движения достигло такой степени, что любое соглашение между ними будет нарушено сразу же после подписания. Однако, делать было нечего, и португальцы организовали церемонию заключения договора между тремя враждующими партиями.
15 января 1975 года в Найроби Нето, Роберто и Савимби поставили свои подписи под документом о создании единого фронта. Но, противоречия между МПЛА, ФНЛА и УНИТА были слишком велики: стороны исповедовали разные идеологии, никогда бы не смогли договориться о разделе власти и главное, принадлежали к разным племенам. Движение Нето состояло из народностей лунда и мбунду, люди Роберто были баконго, а Ж. Савимби - овимбунду.
После падения Марцелло Каэтано Советский Союз сильно увеличил объемы помощи МПЛА. Через два месяца США предоставили ФНЛА огромные кредиты на покупку оружия. В конце лета ЦРУ приступило к выполнению программы поддержки Хольдена Роберто через Заир, а СССР наладил прямой авиамост с Браззавилем. Все было готово к новому витку войны, который не заставил себя долго ждать.
«Революция гвоздик» в Португалии вызвала разброд в Политбюро ЦК КПСС. Шеф КГБ Александр Шелепин, получивший от друзей прозвище «Железный Шурик», настаивал на немедленном вводе советских войск в Анголу. Он предлагал сформировать из добровольцев интернациональные бригады и отправить их воевать на стороне МПЛА. Брежнев был против. Он считал, что вполне достаточно послать в Луанду военных советников, а воевать могут и кубинцы, которые и так уже почти десять лет активно действовали на юге Африки. Причем, официально Советский Союз знать ничего не знает о кубинском контингенте в Анголе. Гавана должна принять это решение «самостоятельно».
Брежнев смог переиграть Шелепина, и в апреле 75-го последний подал в отставку. Через пять месяцев первая кубинская воинская часть, численностью до 700 человек, прибыла в Анголу. В соответствии с соглашениями, заключенными в Найроби, страна получала независимость 11 ноября 1975 года. Но, задолго до этой даты антиколониальная война переросла в гражданскую. В марте между ФНЛА и МПЛА вновь вспыхнули бои, а в июле Роберто специально в первый раз за тринадцать лет прилетел из Заира в Анголу чтобы возглавить наступление на Луанду.
Несмотря на то, что Конгресс США предоставил ФНЛА 81 миллион долларов, Нето прочно закрепился в столице и выбить его оттуда не удалось. Роберто закрепился в центральных районах страны, сделав своей резиденцией город Хвамбо. Получая деньги из США и оружия из Заира, войска ФНЛА при поддержке заирской армии еще в апреле заняли те северные районы страны, где проживали племена баконго. 21 августа УНИТА официально объявила МПЛА войну, но и до этого каждая встреча членов двух противоборствующих движений заканчивалась перестрелкой. Сразу после этого войска Нето начали наступление на юге страны и выбили армию Савимби из городов Лобиту, Бенгела и Мосамедиш.
19 сентября 1975 года Лиссабон объявил о полном выводе войск к 11 ноября. В Претории опасались, что после ухода португальцев в Анголе будет установлен коммунистический режим, который все всякого сомнения начнет оказывать поддержку партизанам в Намибии. Поэтому, не дожидаясь, когда последний португальский солдат покинет юго-западный берег Африки, ЮАР вторглась в Анголу. 14 октября 6 тысяч южноафриканских солдат перешли ангольскую границу и стали продвигаться вдоль побережья океана на север. В начале ноября южноафриканцы объединились с частями ФНЛА-УНИТА, заняли города Мосамедиш и Лобиту.
12 ноября, на следующий день после провозглашения независимости армия ЮАР захватила город Нову Редонду, расположенную всего в 160 километрах от Луанды. Но, срочно переброшенные в Африку кубинские войска спасли столицу. Хотя 5 ноября южноафриканцы разгромили учебный лагерь МПЛА в Бенгеле, где работали инструктора из Кубы , через пятнадцать дней кубинцы разбили части ЮАР в сражении у реки Кевэ. Но, в начале следующего месяца южноафриканцы перегруппировались и продолжили наступление.
С 9 по 18 декабря, в течении девяти дней у моста Салазар через реку Кванза, всего в 30 километрах от Луанды, продолжалось самое крупное сражение за все минувшие 14 лет войны. Наконец, кубинцы, при помощи советских, югославских и алжирских советников, переломили ход битвы и отбросили армию ЮАР от столицы. 4 января 1976 года под давлением Вашингтона Претория объявила об отводе своих войск в «зону безопасности», которая протянулась от границы Намибии на 50 километров вглубь территории Анголы.
11 ноября 1975 года на территории Анголы фактически были образованы три государства. В Луанде Нето провозгласил образование народной республики Ангола, Роберто создал собственное со столице в Амбрише, а Савимби - в Хвамбо. До начала следующего года в Анголу прибыло более 10 тысяч кубинских военных, около тысячи советских и восточногерманских военных советников, а так же технические специалисты, которые должны были заменить вернувшихся на родину португальцев.
За это время СССР передал Луанде 370 бронетранспортеров, 319 танков Т-34 и Т-54, вертолеты, артиллерию и 29 МИГов на сумму, превышающую 200 миллионов долларов. Одновременно с боевыми действиями на южном направлении, кубинцы и войска МПЛА развернули наступление на севере от столицы. Они разбили армию Заира, которая пришла на помощь частям ФНЛА и заняли Амбриш. К концу февраля практически весь север страны был под контролем Нето. На юге кубино-ангольские войска полностью заняли побережье и разгромили основные опорные пункты УНИТА. Цепь этих поражений привела к тому, что Роберто и Савимби отказались от позиционной войны и перешли к партизанским действиям.
Военные успехи способствовали международному признанию правительства МПЛА. Режим доказал свою жизнеспособность. К концу февраля Ангола установила дипломатические отношения с 70 странами, а 27 марта ЮАР полностью вывела свои войска из «зоны безопасности» на юге страны. Более того, правительство Нето заключило договор с американской компанией «Галф Ойл», разрабатывавшей открытые в 1966 году в анклаве Кабинда месторождения нефти, которая согласилась платить налоги в ангольскую казну. УНИТА смог быстро преобразовать свои регулярные войска в партизанские отряды и начал новый раунд борьбы за власть в стране. Части Савимби перерезали Бенгельскую железную дорогу, которая связывала побережье с внутренними районами Анголы.
В августе правительственные войска провели операцию против частей УНИТА на юге, в результате около десяти тысяч человек бежало в Намибию. Но, Савимби сражался не только с армией МПЛА. Получая помощь из ЮРА, войска УНИТА вели борьбу с подразделениями Народной организации Юго-Западной Африки (SWAPO). В то же время на востоке Анголу с правительством вели войну отряды ФНЛА, финансировавшиеся Заиром. Но, Роберто не смог создать эффективное партизанское движение. Хотя части ФНЛА в течении 1976-77 годов регулярно совершали рейды в Анголу с территории Заира, масштаб их действий не шел ни в какое сравнение с операциями УНИТА. В конце 1979 года войска МПЛА нанесли значительный ущерб УНИТА, и Савимби был вынужден уменьшись свою активность, что сразу же отразилось на размерах помощи из Претории. В итоге, 1980 год выдался на редкость спокойным. Лишившись поддержки Заира, ФНЛА фактически развалился, а Хольден Роберто удалился во Францию. Но, затишье продолжалось не долго.
В августе 1981 года армия ЮАР вновь вторглась в Анголу. Претория заявила, что его войска углубились на 145 километров в территорию противника и уничтожили все расположенные в приграничных районах базы СВАПО. В ходе боев были убиты более десяти кубинских и советских советников, а один советский офицер был ранен и попал в плен. Но, 48 тысячная армия МПЛА и 40 тысяч кубинцев остановили продвижение южноафриканцев. В этом же году Ж. Савимби посетил Вашингтон, где получил новые кредиты для борьбы с режимом Жозе Эдуарду душ Сантуша (Агосиньо Нето умер в сентябре 1979 года).
УНИТА продолжили нападения на Бенгельскую железную дорогу и заставили Луанду пойти на переговоры о выводе кубинских и восточногерманских войск. Однако, Фидель Кастро заявил, что армия Кубы будет оставаться в Анголе до тех пор, пока ЮАР не уйдет из Намибии и не прекратит войну с правительством МПЛА. На протяжении всего 82-го года южноафриканские войска продолжали карательные операции против партизан СВАПО. В конце года ангольское и южноафриканское правительства начали переговоры о прекращении огня, но 31 января 1983 года части армии ЮАР проникли в провинцию Бенгела и взорвали гидроэлектростанцию. В мае душ Сантуш посетил Москву, встретился с Юрием Андроповым и добился увеличения размеров поставок оружия, которое было необходимо для войны с белыми южноафриканцами.
В декабре 1983 года армия ЮАР провела новое наступление в Анголе, которое было вызвано усилившейся активностью отрядов СВАПО. Южноафриканские войска снова действовали не территории Анголы, но, под давлением ООН, в середине января 84-го года Претория начала отводить войска назад в Намибию. В марте представители ЮАР и США встретились с правительством Анголы в столице Замбии Лусаке. Претория согласилась полностью вывести войска из Анголы в обмен на обещание Луанды прекратить помощь СВАПО и отправить кубинцев домой. Правда, часть кубинского контингента могла оставаться до тех пор, пока войска УНИТА угрожали правительству МПЛА, а в Намибии будут оставаться южноафриканские войска. После этого, душ Сантуш вылетел в Гавану и подписал с Фиделем Кастро договор о постепенном выводе частей кубинской армии вплоть до предоставления Намибии независимости.