На территории региона действуют 4 автомобильных, 2 железнодорожных, речной и воздушный пункты пропуска.
В истории охраны российско-казахстанской границы одна из самых знаменательных дат — это 17 ноября 1996 года. В этот день в соответствии с Директивой Федеральной пограничной службы РФ началось формирование Регионального управления пограничной стражи с местом дислокации в городе Челябинск. В 2018 году исполняется 22 года и Отделу пограничной стражи Омской области, который вошел в состав вновь образованного Регионального управления.
Сначала отдел состоял из управления и трёх районных отделений пограничной стражи в г. Исилькуль, п. Одесское и р.п. Черлак. В связи с экономическими сложностями в стране финансирование новой пограничной структуры практически не осуществлялось. Трудности, связанные с размещением, транспортом, организацией связи и т.д. были возложены на администрации районов и области. Комплектование должностей офицеров и прапорщиков районных отделений пограничной стражи проводилось военными комиссариатами приграничных районов из числа военнослужащих, состоящих в запасе Вооруженных Сил РФ.
За короткий срок были сформированы 3 районных отделения пограничной стражи. Старт эксперименту по не войсковой охране отдельных участков Государственной границы РФ был дан. Пограничная стража завершила свою деятельность через два года в декабре 1998, охрана границы была возложена на Омский пограничный отряд, в ряды которого перешли и военнослужащие отдела пограничной стражи.
Государственная граница на территории Омской области имеет протяженность более 1000 км. На территории региона действуют 4 автомобильных, 2 железнодорожных, а также речной и воздушный пункты пропуска. Кроме того, специально для жителей приграничных территорий в соответствии с соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Казахстан в Омской области определено 19 мест пересечения границы жителями приграничных территорий.
На участке Пограничного управления ФСБ России по Омской области применяются разнообразные технические средства охраны границы, позволяющие эффективно обнаруживать нарушителей.